如何使用Sequencher软件查看DNA序列

Sequencher是DNA序列分析的软件。它可以和自动序列分析仪一同工作，并且因为它可以Contig组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及技术而被周知。

使用Sequencher软件查看DNA序列

使用Sequencher的方法步骤：

A、查看峰图或编辑

1. 打开软件

2. 载入文件（abl格式）

3. 双击打开文件，可见序列信息

4. 点击右上角的“show chromatogram”可见峰图

B、整合多个文件，存为文件：

1. 打开文件

2. 载入文件夹import

3. 选中文件，点击file下的export导出，选择“selection as subproject”，弹出保存的对话框，命名保存文件并选择格式（txt）。

该txt文件可用clustal x打开，进行序列比对，保存为aln格式后，可以不用bioedit打开进行编辑修改。

注：Sequencher软件的主要功能为序列查看。序列比对可用MEGA操作，编辑更方便，比对时间稍短。

Poly结构后双峰问题：

Poly A/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰，PolyG/C结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是测序失败常见的原因之一，目前还没有很的方法解决Poly结构的影响，但而言，PCR样品Poly结构后双峰的概率很高，而菌液中Poly结构对测序结果的影响较少或没有。

解决办法：

• 反向测序再拼接

• 连接到载体后测序

也有一些Poly结构对测序影响较低。