如何通过命令行运行 Geneious 操作

如何通过命令行运行 Geneious 操作

在 Geneious Prime 2022 之后，您可以通过命令行而不是图形界面 (GUI) 运行 Geneious 操作。  

如何访问命令行界面 (CLI)

要使用 CLI，您要在机器上安装 Geneious 的许可副本。在使用 CLI 之前，您的许可证要已在 GUI 界面中激活，或通过配置geneious.properties 文件（参见Geneious 用户手册的第22.4 节）激活。您还要通过 GUI 界面中的插件菜单安装您想使用的插件。

在Windows和Linux 上，安装 Geneious 后无需进一步配置即可运行 CLI，只需打开命令提示符或终端并键入 geneious 即可运行它。

在macOS 上，您要自己创建符号链接，以便可以从终端中的目录运行通用命令。

为此，请使用以下命令：

sudo ln -sf /Applications/Geneious\ Prime.app/Contents/Resources/app/resources/geneious /usr/local/bin

（这假设 Geneious 安装在应用程序的默认位置）

请注意，创建符号链接需要 sudo（管理员）权限。但是，一旦创建了它，非管理员用户就可以运行通用的 CLI。

如何通过 CLI 运行操作

CLI中的通用操作遵循基本格式

geneious -i <input_file_name> --operation <operation_name> <-options> -o <output_file_name>

要查看可用的操作，请键入 

geneious --list 

（添加--filter <operation type>以过滤特定类型操作的列表）

要查看给定操作的选项，请键入

geneious --options-for <operation> 

请注意，命令行界面当前无法直接从您的 Geneious 数据文件夹访问文件。  如果您当前在 Geneious 中有文件要用作 CLI 中操作的输入，则要从 Geneious 导出它们，以便将它们作为文件存储在驱动器上。它们可以以 .geneious 格式或常见的序列格式导出。您还可以使用尚未导入 Geneious 的原始序列文件（例如来自您的测序提供商的 fastq 文件）。  

要查看如何使用 CLI 的一些示例，请键入

geneious --examples

CLI 还可以与选项配置文件或 Geneious 工作流文件一起使用，以简化在 CLI 中设置算法选项和自动化任务。