基因组设计与分析软件Geneious 2023版本的新功能

Geneious Prime 2023带来了改进的引物设计和克隆。亮点包括引物特异性测试、克隆验证、STAR RNA-seq映射器和CRISPR改进。

Geneious Prime 2023的新功能

引物特异性测试

通过新的引物特异性测试一步设计目标特异性引物。

克隆验证

用于在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新可视化工具。

STAR RNA-seq映射器

添加了STAR，这是一种RNA-seq映射器，可执行高度准确的拼接序列比对。

CRISPR改进

添加了更多PAM和选择单个序列进行特异性测试的能力。

次要功能和可用性改进：

• CRISPR：启用单个脱靶序列的选择

• 命令行界面：现在支持使用数据库文件夹作为输入

• Geneious Academy：在“帮助”菜单中添加了指向新Geneious Acadeny的快捷方式

• 一般：在网络数据库上加载选定文档的进度报告不再阻止用户活动

• 预处理：BBDuk不再需要单独的插件来使用

• 用户界面：下拉菜单现在支持过滤，更清楚的显示何时可以输入自定义值

修复和小改动：

• 注释：

• 修复了导出带有“Paired Primer”列的注释表时的崩溃

• 修复了在注释表中按删除有时不会删除所选注释的问题

• Bowtie2：更新至Bowtie2 2.4.5

• CRISPR：为分析CRISPR编辑结果添加了maximum间隙大小选项

• 命令行界面：修复了无法在本地数据库中找到文档的错误

• 深色模式：调亮序列查看器选择的数字颜色

• De Novo Assembly：修复了当maximum不匹配设置设置为0时有时会产生包含不匹配的结果

• 从头组装和映射到参考：现在立即失败，而不是有时在内存不足后继续

• 一般的：

• 使用间隔符时重新格式化连接的文件名

• 如果提供的名称无效，创建或重命名文件夹将要求另一个名称

• 在文件菜单中添加了另存为PDF... 选项

• 修复了批量重命名很大的序列列表时的崩溃

• 改进了文档保存性能，尤其是在网络数据库上

• 修复了在启动期间收集系统信息时发生的罕见崩溃

• Group Sequences：修复了将蛋白质序列与成对的核苷酸序列分组时的崩溃

• MAFFT：将MAFFT更新至版本7.490

• MUSCLE：将MUSCLE算法更新至5.1版

• 内存：在处理一些大数据集时减少内存使用

• SPAdes：将SPAdes更新到版本3.15.5

• 示例文档：添加了SARS-CoV-2基因组

• 序列视图：添加了在放大蛋白质序列视图时关闭三个字母氨基酸的选项

• 共享数据库：将默认的mysql-connector更新为8.0.28

• 共享数据库：修复了共享数据库中的文档索引由于文档损坏而无法继续的错误

• 启动：添加了一个进度条以显示启动Geneious的进度

其他注意事项：

• 16S生物多样性：删除了16S生物多样性工具

• 插件开发工具包：修复了DocumentUtilities.getDocumentsByURN()与其javadoc不匹配的返回行为

• 公共API：添加了一个API以向下拉列表中的项目添加图章

• TopHat：删除了TopHat RNAseq映射器