USEARCH：快速的序列数据库搜索工具

USEARCH算法专门用于在数据库中搜寻全球较优或前列较佳匹配。它与传统的搜索算法（例如BLAST）有显著区别，BLAST采用局部比对方式，并报告在特定E值阈值下的所有匹配。

USEARCH算法的优点包括其极高的速度，远超BLAST，同时由于大多数应用仅关注较佳匹配或前几位佳匹配，因此大幅减少了数据输出量。另外，在某些应用场景下，比如在分类分配中，全局比对相较于可能产生误导性高相似度短匹配的局部比对，能提供更准确的生物学预测。

USEARCH算法通过usearch_global指令来实施。同样提供了局部比对版本（usearch_local），但在实践中较少应用。对于特别大的数据库，如序列数超过100万或FASTA文件大小超过1Gb，USEARCH可能不太适用。在处理庞大数据库时，即便需要全球较优匹配，也建议使用UBLAST。

对于USEARCH和UBLAST指令，它们接受的参数提供了丰富的选择，以便筛选匹配结果。