粉末衍射结构求解软件Endeavour功能:结构解决方案向导

本页介绍了Endeavour所谓的“结构解决方案向导”易于准备结构解决方案过程。

 

  • 第1步(共8步):

定义像元参数和空间组

 

必须知道单元参数,即粉末数据必须编制索引,而不需要知道正确的空间组。始终可以在P1中进行计算,然后确定正确的空间组。但是,如果空间群是已知的,则计算速度要快得多

 

 

 

  • 第2步(共8步):

定义分子(可选)

 

Endeavour支持使用具有柔性扭转角的分子和不位于空间群特殊位置的刚体碎片。分子可以固定在一定的位置,并可以沿着参考原子旋转。

 

 

 

  • 第3步(共8步):

定义晶胞

 

输入单元格内容,即单个原子(即不属于分子的原子)的公式和和每个单元格的公式单位数。

 

 

  • 第4步(共8步):

定义衍射数据

 

向导的下一个页面专门用于衍射数据的输入。您可以打开准备好的包含衍射数据的文件,作为2 theta-和相应强度值的列表,或者,在本例中,作为|F|(hkl)数据的列表。

 

 

 

  • 第5步(共8步):

可选择自动和手动结构解决方案设置

 

从1.6版本开始,在输入细胞参数、空间基团、分子、单原子、衍射数据后,所有结构溶液计算参数都可以自动调整。这是默认的和建议的设置,您将被引导到向导的末尾一页。(在这个例子中,我们继续下一页。)

 

 

 

 

  • 第 6 步(共 8 步):

定义电位的设置

 

这个页面专门用于输入计算势能所需的数据。有三种可能的函数可以使用,其中两个-“简单排斥势”和“伦纳德-琼斯势”-需要经验参数。在1.3版本中引入的“霍夫曼势”使刚性分子的晶体结构求解变得更加容易,还可以在不使用任一粉末衍射数据的情况下预测刚性分子的晶体结构。因此,它不包含任一必须由用户调整的参数,使其使用极其简单。关于其他两个电势,Endeavour的设计很仔细,特别使电势参数的生成尽可能简单。

 

 

 

 

  • 第 7 步(共 8 步):

定义优化设置

 

此页提供了一些关于优化的选项。例如,所谓的“成本函数平衡”可以调整,即成本函数的两个部分中的任一部分对整体价值的贡献。因此,弱衍射数据可能在一定程度上被高质量的电位所平衡,反之亦然。除此之外,计算速度由滑块“优化速度”控制,它可以取1到10之间的任一整数值。值为10意味着蕞快的优化速度,但由于底层的模拟退火优化方法,成功概率也蕞低。

 

 

 

 

  • 第8步(共8步):

定义环境设置

 

由于Endeavour不仅是结构解决方案的程序,也是一个结构可视化程序,因此您可以在结构求解过程中查看中间结构。在向导第7页,您可以告诉程序应该如何完成此动作。

 

 

 

从1.5版本开始,您可以通过“结构解决方案的高端设置”对话框查看更多参数, 可从“结构解决方案向导”的末尾一页获得。 例如,您可以将分子视为柔性分子而不是刚体分子,或者允许将分子的原子放置在特殊位置(这是1.8版中的新功能):

 

 

 

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2024-06-24 17:00
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