DNASTAR Lasergene 18正式发布：新特性和功能介绍

2024年10月17日正式发布DNASTAR Lasergene 18，此版本带来了重要的新特性和改进的功能，包括对 GenVision Pro 的重大更新，这是我们用于可视化和分析多个样本基因组数据的应用程序。

Lasergene 18 的新功能包括：

• 分阶段变量分析
• 样本之间的变体比较
• 基因集富集分析 （GSEA）
• 在自定义本地数据库中搜索序列
• Golden Gate 克隆
• 使用 IQ 树构建的系统发育树

分阶段变量分析

Lasergene Genomics 现在包括一种二倍体定相算法，用于分析与完整人类基因组一样大的长读长数据集。

只需选择新的变异检查选项，即可在 SeqMan NGen 中开始分阶段单倍型工作流程。

在 GenVision Pro 的新基因组视图中查看组装后整个基因组的分相/非分相区域。

使用 GenVision Pro 中的几个新轨迹和选项，可视化和分析相位对齐读数、相位块、相位一致性和相位变体。

导出分阶段共识块以获取目标基因的母系和父系单倍体序列。

样本之间的变体比较

GenVision Pro 现在提供了比较多个实验的变异的功能。

将 SeqMan NGen 组件、BAM 和/或 VCF 文件导入 GenVision Pro。

根据维恩图、单个或多个基线对照、成对样本、包含该变异的样本或对的蕞小百分比以及许多其他选项过滤变异。保存过滤器或将其设置为将来项目的默认过滤器。

查看在 SeqMan NGen 中组装的人类样品的 Variant Annotation Database 信息。

创建变体集，并将其与维恩图、并集、交集或包含每个变体的集合的蕞小百分比进行比较。

将变体和变体集导出为 CSV 或制表符分隔的文本文件。

基因集富集分析 （GSEA）

GSEA 是 RNA-Seq 差异表达工作流程的专门版本，专注于具有某些共同点的基因组，例如调控、染色体位置或生物学功能。

当满足 DESEQ2 或 EdgeR 分析的标准时，在 SeqMan NGen 中访问 GSEA 计算方法。

了解一组预定义的基因是否在两种生物状态（例如，表型）之间显示出统计学上的显著差异。

从 31 种人类、19 种小鼠、秀丽隐杆线虫和酵母分析选项中选择任意一个。

在专门的气泡图中查看输出，该气泡图列出了所选分析集中同样差异表达的基因，并在显示上调和下调基因集的聚类图中查看输出。

在自定义本地数据库中搜索序列

GenVision Pro、Protean 3D、SeqMan Ultra 和 MegAlign Pro 现在都能够为本地 BLAST 搜索创建安.全的本地序列数据库。

上传本地文件或从 NCBI 导入序列，有 30 多个数据库可供选择。

使用本地数据库管理器合并、扩展、重取名和/或删除本地数据库。

本地搜索比在线搜索快 5-25 倍。

Golden Gate 克隆

SeqBuilder Pro 现在支持 Golden Gate 虚拟克隆，以实现精准的克隆。

使用一个简单的向导设置克隆，该向导可以检查可能的故障并提供有用的反馈。

查看克隆的所有组件的功能。

轻松删除不需要的限制性位点（驯化）。

使用 IQ Tree构建的系统发育树

MegAlign Pro 现在包括用于构建系统发育树的 IQ Tree 算法。这种广泛使用的蕞大似然法快速、准确，并支持自举。

从 4 种可用的系统发育计算方法中选择 IQ-Tree。

生成并比较由不同方法创建的多个树。

自定义和导出您的系统发育树，以便发布或协作。