Geneious Prime 2025.0 更新：涉及BLAST增强、QC报告生成等

生物信息学软件Geneious Prime 2025.0新版更新内容如下：

新增功能

BLAST序列搜索增强

• 新增选项：可将选定序列预填到NCBI BLAST网站表单，直接在NCBI网站运行BLAST。
• 增加标签页：可在Geneious Prime中直接运行自定义BLAST（针对本地数据库）或连接NCBI服务器运行BLAST。
• 在NCBI BLAST选项中新增消息提示：提示大规模查询可能受速率限制，并建议替代BLAST方法。

Geneious Cloud云服务增强

• 显著优化性能：包括文件导入、保存和删除时的速度，尤其是使用已查看的文件时。
• 改进共享文件夹显示：更容易看到与整个组织共享的文件夹。
• 新增缓存大小指定选项。

生成和查看NGS序列的质量控制报告（QC Report）

• 利用Babraham Bioinformatics的FastQC工具计算质量控制报告。
• 在新查看器标签页中创建并查看QC报告，适用于序列列表文档。
• 当序列数据被修剪或编辑后，支持轻松重新运行分析。
• 支持将QC报告导出为HTML文件存档。
• 支持通过工作流程对多个文档批量生成QC报告。

与Dotmatics Luma无缝集成

• 可通过文件夹面板中的新服务登录Luma。
• 在Geneious Prime中搜索Luma并下载Geneious Biologics中的序列选定结果，用作克隆插入片段。
• 提交克隆反应详细信息（如载体、片段和预测翻译）到Luma进行注册和实验室工作流程管理。

次要功能和可用性改进

CRISPR编辑结果分析

• 显示用于计算变体分析百分比的读取数。

克隆增强

• 克隆片段的注释类型由“拼接序列”更新为“片段”，并提供可点击链接跳转到输入序列。
• 限制性和Golden Gate克隆现在会在检查内部切割位点时考虑甲基化切割位点。
• 新增选项：在进行Gibson/Homology或InFusion克隆时，可使用合成序列生成带有重叠的插入片段，而无需设计引物。
• 改进克隆验证功能：自动映射功能更智能，可将读取分配到参考序列。

序列视图改进

• 当以圆形视图显示时，主序列视图现在默认为线性包裹视图。
• 添加新注释到先前未注释的序列时，翻译框架会自动设置为“注释或选择”。
• 从独立序列提取的注释包括可点击链接，指向提取序列的具体区域。

修正和优化

• 指令行界面
• 修正了将--log-level设置为INFO时导致Geneious Prime崩溃的问题。
• 修正了多次连接到同一共享数据库时的警告信息。

Geneious Cloud

• 修正上传文件名为空或包含反斜杠时的错误。
• 修正删除文件时偶尔出现的错误。

导入功能

• 修正导入包含大量SHEET元素的PDB文档时的错误。
• 设置GenBank平面格式序列导入时的LOCUS字段日期为文档的修改日期。

序列视图修正

• 修正注释在圆形序列的线性视图中可能显示错误的问题。
• 修正使用鼠标滚轮缩放时未缩放到选定区域的错误。

其他更新

• Java更新：Mac系统升级到JRE 11.0.24，Windows和Linux升级到21.0.4。
• 停止支持Linux留下的Flexnet许可证和DualBrothers插件。
• SPAdes升级到v4.0.0版本。

补丁版本更新内容

2025.0.1补丁更新

• 改进了质量控制报告的打印和保存功能，支持保存为PDF文件。
• 修正了一些文件导入、登录和BLAST功能的小错误。

2025.0.2补丁更新

• 修正了在工作流程中无法访问自定义BLAST数据库的问题。
• 修正了Windows和Linux用户在某些情况下无法更新到Geneious Prime 2025.0的问题。