Diamond 软件操作教程：利用“复制样式”与“粘贴样式”为有机连接体着色

Diamond 支持通过“编辑”菜单中的“复制样式”选项保存不同对象的样式，并使用“粘贴样式”选项将其应用于多个其他对象。本文将演示如何为特定分子片段中的所有原子及其连接键着色，以突出金属-有机框架（MOF）中的有机连接体，本示例以对苯二甲酸为例。

注意： 此编辑需 Diamond 版本 5.1 或更高版本。

示例文件可在以下位置下载获取：

• COD-1516287-MOF-5-280-K.cif

• COD-1516287-MOF-5-280-K-2.diamdoc

• COD-1516287-MOF-5-280-K-sky-blue-terephtalate-2.diamdoc

1.打开文件 COD-1516287-MOF-5-280-K-2.diamdoc。

2.在结构图片中定位一个对苯二甲酸片段，作为复制样式的来源。该片段包含 8 个碳原子（Diamond 默认使用浅灰色）、4 个氢原子（默认白色）和 4 个氧原子（默认红色），16 条键默认为黄色。为了更好选取单个对苯二甲酸单元，此处已将视图从 001 投影（沿 c 轴观察）沿 y 轴旋转 45 度。

3.选中该对苯二甲酸单元的 16 个原子。直接的方式是使用矩形选择工具，即在该片段某个原子附近按住鼠标左键，拉出一个覆盖该片段所有原子和键的矩形框。

或 可逐一点击选择原子（按住 Ctrl 键），然后使用 Diamond 5.1 版本新增的选项“选择片段中的原子”（位于“编辑 → 扩展选择”子菜单中）。

4.执行选项 显示 → 原子设计。Diamond 会提示选择编辑这 16 个原子的设计，还是编辑原子组和位点的设计。此处选择编辑（这 16 个）选定原子的（个体）设计。

5.在“原子设计”对话框中，将填充颜色（该按钮显示为不定状态，因为 16 个原子使用不同的填充色）更改为天蓝色，确认后点击“确定”。

或 对 16 条键执行相同编辑：使用 显示 → 键和接触设计（提示时选择“16 条键”），将键的填充颜色也改为天蓝色。

6.此时 16 个选定原子和 16 条键均为天蓝色。执行 编辑 → 复制样式。会弹出一个小窗口，提示已存储一种原子设计和一种键设计（供“粘贴样式”使用）。

7.使用新选项 编辑 → 扩展选择 → 选择对称相关，将图片中与当前选定对象对称相关的所有其他对苯二甲酸单元的原子和键标记为选中状态。

8.执行 编辑 → 粘贴样式，将图片中所有对苯二甲酸单元的所有碳、氢、氧原子及其键均变为天蓝色。另一弹出窗口会提示哪些对象（此处为原子和键）以及有多少个对象的样式已更改。

9.点击图片任意位置（或通过 编辑 → 取消选择），移除所有选择标记。无机结构单元中心的氧原子保持红色，多面体也保持原样不变。