PC-ORD 软件资讯：7.0 版本新功能概览

新增图形类型

Hilltop 图
Hilltop 图是一种在同一图形上同时显示多个非线性响应曲面的方式。在 PC-ORD 中，响应曲面作为叠加层显示在排序图上，可实现群落—性状—环境关联的一维和二维非线性关联的同时测量与可视化。对于每个选定的叠加变量，追踪其范围特定百分比对应的等高线，每个闭合区域即为一个“hilltop”。多个半透明的 hilltop 可叠加在同一排序图上，在单一图中展示多个非线性叠加变量的极大值区域。

等高线叠加层
选择 Q 变量作为叠加层时，系统显示拟合度随非参数回归灵活性（平滑参数）变化的表格。若选择“优化”灵活性，PC-ORD 将选取交叉验证拟合度高的值；若选择“指定”灵活性，可参考优化表格中的数值进行选择。生成的等高线叠加图可自定义颜色填充和等高线间隔标注。

凸包填充多边形
凸包是一种使用多边形将组内所有点包围的叠加方式，通过连接组内外层点在排序图或散点图中勾勒组轮廓，帮助观察者识别分组在空间中的分离或重叠情况。形成凸包的基本规则是：组内外部点连接成闭合多边形，使相邻线段的内角始终 ≤180 度。需要三个点才能绘制凸包。

NMS 迭代压力图

新增实时显示 NMS 迭代过程中压力变化的图形。每次尝试改进排序空间点配置的迭代都会更新显示。该图兼具信息性与可视化价值：不同维度以颜色编码，真实运行与随机运行分别显示在独立面板中。不稳定配置表现为垂直锯齿状，一致性表现为特定水平的压力平台，维度的重要性体现为压力随维度增加而递减的趋势。

性状分析功能（Traits）

PC-ORD 7 提供了将物种性状数据（性状矩阵）与群落样本（主矩阵）和环境数据（第二矩阵）相关联的方法。新增的 Traits 菜单包含以下功能：

• 功能多样性（Functional Diversity）：分析样本单位×物种矩阵与物种×性状矩阵的组合，描述样本单位中物种功能性状的多样性，而非单纯物种多样性。

• 第四角分析（Fourth Corner Analysis）：通过样本单位×物种矩阵将物种性状与环境变量相关联。提供统计检验以评估这些矩阵之间关联的强度。

• 分类变量转二元变量（Categorical to Binary）：将分类变量的每个独有类别转换为新的二元变量。

• 创建性状组合（Create Trait Combinations）：将两个现有变量的类别组合创建为新的分类变量。

• 计算样本单位×性状矩阵：通过矩阵乘法计算，并支持加权平均步骤，以获得更具可比性的结果。

• 性状空间物种距离（Species Distances in Trait Space）：基于物种×性状矩阵计算物种间的距离矩阵。

新增矩阵文件格式

• 行和列标识符最大长度从 8 个字符增加为 12 个字符。

• 分类值现可为数值或文本（最多 20 个字符）。

• 矩阵大小从 32,000×32,000 大幅提高到 2,000,000×2,000,000，最大元素数 536,848,900（部分限制）。

• 仍支持导入 Excel 旧版 .wk1、.xls 和 .xlsx 文件。

新增分析方法

• 第四角分析：如前所述，用于物种性状与环境变量的关联检验。

• 模糊集排序（Fuzzy Set Ordination, FSO）：将模糊集理论应用于直接梯度分析，需用户假设群落与环境变量之间的关系。

• 基于距离的冗余分析（dbRDA）：类似于 RDA，但使用用户指定的距离度量（如 Sorensen/Bray-Curtis）计算主坐标后进行分析。

• 分类计数（Categorical Counts）：统计所选矩阵中各分类变量类别的频次。

• 功能多样性：如前所述，分析物种功能性状多样性。

现有分析功能增强

距离度量新增：

• Gower 距离：支持定性（分类）、定量或混合数据类型。

• Gower 距离（忽略 0,0）：排除双零对，减少双零对群落分析的干扰。

• Morisita-Horn 距离：对采样努力相对不灵敏，适用于难以控制采样时间或面积的情况。

其他增强：

• perMANOVA 和指示物种分析的分组数上限增加为 1000。

• 物种面积曲线增加自助法置信区间。

• PCA 支持将预测方程写入文本文件，支持将随机化特征值写入电子表格。

• CCA 和 RDA 中添加调整解释方差（Peres-Neto 等 2006 方法）。

• NMS 中添加基于随机化的拟合优度度量。

• 新增“Dust bunny index”用于衡量偏离多元正态分布的程度。

• 距离矩阵导出选项：仅导出下三角距离（适用于序列样本）或每隔一个下三角距离（适用于配对样本）。

图形增强

• “应用”按钮可即时预览更改，无需退出偏好设置对话框。

• 将分组质心得分保存到电子表格或文本文件。

• 图形可保存为 TIFF 格式。

• 物种频率标签截断阈值。

• 支持从第三轴叠加。

• 刻度数量控制、图例重新排序、工具栏自定义。

数据格式与管理改进

• 新增性状窗口，可同时显示物种性状矩阵。

• 分类变量允许使用文本标签（如“burned”、“mowed”、“control”）。

• 变量类型转换：分类↔定量、分类→二元。

• 行名和列名最大长度增到 12 字符。

• 电子表格设计支持 200 万行或列。

• 简化的 Excel 导入/导出。

• 项目文件重新设计，支持拖放矩阵设置和更便捷的文件管理。

• “全部保存”功能可批量保存关联文件。

• “导出项目”便于在不同机器间迁移项目。

• 精简格式：代码编号从 4 位增为 8 位，物种缩写从 8 字符增为 12 字符。

• 拖拽切换矩阵。

• 将主矩阵或第二矩阵转换为图形文件（便于导入外部排序坐标）。

• 分类变量重新编码（数字转文本或文本转文本）。

软件管理

• 内置免费更新到新版本。

• 通过网络下载分发，使用许可证密钥激活。