ChemDoodle 3D - 分子建模工具

iChemLabs一直致力于为化学家生产高质量、经济实惠且可持续的工具。创建化学信息学和化学图形软件。制品包括ChemDoodle 3D、化学涂鸦2D、ChemDoodle Web组件等几款化学工作工具。产品被Global数千家机构使用，我们的工作为行业中一些重要的工具和公司提供动力。

 

化学的新视角

 

• 美丽的科学模型

我们花了很长时间仔细检查ChemDoodle 3D中生成的模型。在旋转渲染图时，仔细观察渲染图，以观察债券朝向相机的方向；场景中的每个对象网格都是为了与其他网格合并而构建的。

• 整个可指定

ChemDoodle 3D中的整个渲染都由您定义的样式控制。这些样式可以应用于整个场景、选定的内容或单个对象。

• 高等文本系统

ChemDoodle 3D的高等3D图形引擎可以漂亮地渲染文本。使用它来显示原子标签和更多。您可以自己控制字体、大小和颜色。

• 自定义元素颜色集

除了预定义的Jmol、Rasmol、PyMOL和CDK颜色集，您还可以手动定义自己的元素颜色集以应用于分子渲染。

• 预测

正交投影和透视投影都可用，并且可以即时切换。

• 透明度

它们让你看穿场景中的物体。ChemDoodle 3D允许你渲染有背面或没有背面的透明物体。

• 表面

ChemDoodle 3D可以为任意数量的原子生成多种表面类型和颜色函数。用其他编辑无法做到的方式来可视化你的结构空间。你可以自定义网格算法，显示类型，法线，颜色等等。有不同类型的表面可供选择，包括范德华表面(VDW)、溶剂可及表面(SAS)和溶剂不可及表面(SES，Connolly)。

• 轨道

查看基于量子数的原子轨道模型轨道小部件。很多选项可用于自定义图形，然后可以输出到图像。这是观察不同轨道形状的好方法。

• 伽马校正

伽玛校正会改变图形的亮度模式，以补偿显示器的非线性亮度物理特性。ChemDoodle 3D默认标准值为2.2，但是您可以根据您的屏幕进行适当的更改。

 

 

 

轻松创建超逼真的图像、草图、卡通、绘画和更多艺术插图

 

• 着色器程序

着色器程序是发送到显卡的关于如何生成3D图形的指令。ChemDoodle 3D为您提供了几个内置着色器来渲染您的图形，以创建塑料等逼真的样式和卡通等不真实的样式。ChemDoodle 3D中的着色器还提供了其他功能，如轮廓和阴影。

• 渲染器

渲染器是一个完整的过程，在这个过程中，我们使用一个或多个着色器与显卡进行通信，以生成图像。在简单的过程中，只需对显卡进行一次调用，我们就可以传入场景数据，并用一个着色器程序生成一幅图像。这就是我们所说的正向渲染器。在ChemDoodle 3D中，你会发现3种不同类型的渲染器的样式:(1)正向渲染器(2)Yan迟渲染器和(3)后效渲染器。

• 抗锯齿

删除锯齿可删除图形中粗糙的像素边缘(称为锯齿)。ChemDoodle 3D支持硬件(MSAA)和软件(FXAA)抗锯齿。

• 阴影

可定制的实时动态阴影为您的图形增添了强烈的真实感。

• 3D纹理

纹理将曲面样式应用于场景中渲染的对象。这是通过定义一些三维图案来实现的，类似于你在一块木头上切割时看到的三维图案。然后，根据这种模式制作出对象来生成图形，这样您就可以生成许多有趣的样式。从花岗岩纹理、木材、条纹等多种材质中选择。

• 蒙上水汽

使用线性、exp1和exp2算法定义雾化。借助这些功能，为您的图形赋予难以置信的深度，或专注于特定部分。

• 屏幕空间环境光遮蔽

屏幕空间环境光遮挡(SSAO)模拟3D对象的角落和裂缝中环境光的遮挡。如果你看你房间的角落，它会比墙的中间看起来稍微暗一点。这种技术大大增加了图像的真实感，并极大地有助于对地形的感知。这种技术在ChemDoodle 3D中是可定制的。

• 景深

景深effect聚焦在场景的特定部分，模拟用相机镜头制作的图像。您可以定义开始和结束聚焦深度，以及未聚焦模糊和放大effect的程度。

 

 

通过物理模拟与您的结构实时交互

 

• 实时优化

ChemDoodle 3D的分子建模程序可以实时运行(使用轻视的人widget)，这样你就可以在构建分子的同时与分子进行交互，或者轻松地在构象之间进行转换。我们的建模引擎快速，让您可以快速生成相关的三维坐标，为您建造的结构。

• 准确的力场实现

ChemDoodle 3D包括几个已发布力场的实现。

• 默克分子力场

Merck分子力场(MMFF94)及其静态变体(MMFF94s)都可以在ChemDoodle 3D中准确实现。使用这个力场生成实验上准确的几何图形，用于测量和计算。

• 范围

大多数小分子力场是为描述单个离散分子结构而优化的。因此，ChemDoodle 3D将在您编辑分子结构时分别优化它们。但是，您可能希望同时优化几个离散的分子结构以及它们之间的关系。为此，可以更改优化范围来优化整个场景。

• 原子分型

原子分类是正确应用力场的重要一步。你可以看到在ChemDoodle 3D中为你使用的特定力场定义了哪些原子类型。您还可以输出atom类型用于其他应用程序

• 强制渲染

力可以被渲染以显示给定力场梯度计算时分子将如何变化。

• 算法透明性

除了向您显示原子类型和力矢量计算，ChemDoodle 3D还会通过提供描述性错误和警告，让您知道结构何时与特定力场不兼容。使用所有这些信息作为可靠性和参考。

• 并行处理

并行处理允许您使用多核CPU的能力来加快计算速度。ChemDoodle 3D中的力场是专门为并行运行而设计的。这意味着你的结构，通常需要x秒进行优化，现在只需要几分之一x几秒钟优化。当您想要处理大型结构或系统的优化时，请在ChemDoodle 3D中启用并行处理。

• 完整文档

分子建模新手？别担心。我们有整整一章ChemDoodle 3D用户指南致力于分子建模及其实现。你很快就会优化结构。

 

 

 

电脑上的增强现实

 

• 立体图

立体图像是一种立体视觉技术，用于从2D图像向我们的眼睛显示3D空间中的图像。它通过在不同的颜色空间中为每只眼睛的视角渲染场景来工作。然后用特殊的眼镜过滤掉每只眼睛的图像，这样一只眼睛就看不到另一只眼睛看到的东西。然后，我们的大脑将两幅图像拼接在一起，观察3D空间中的场景。

• 五金器具

通过支持红-青、绿-品红和琥珀-蓝立体眼镜，可以实现立体图像，可以从在线零售商那里便宜地购买。

• 用户化

Dubois方法已经实现了舒适的立体视觉effect，您可以控制焦距和眼睛间距参数来定制您喜欢的立体视觉effect。

 

 

 

导出您为3D打印和其他CAD应用程序创建的对象

 

• 模型文件

将您的ChemDoodle 3D作品导出为多种流行的3D模型文件类型:

1.3D制造格式{.3mf}

2.附加制造文件格式。amf}

3.COLLADA数字资产交易所。dae}

4.可扩展三维图形{.x3d}

5.多边形文件格式。ply}

6.立体平版印刷术。stl}

7.虚拟现实建模语言。wrl}

8.波前对象文件。obj}

• 功能和支持

ChemDoodle 3D尽可能支持每种格式，包括网格、法线、材质、透明度、颜色和多色。

• 选择

还实现了特定于格式的选项，例如STL和PLY文件的二进制和ASCII支持，以及VRML文件的缓存和压缩。

 

 

 

在3D中构建和可视化您的分子

 

• 直观控制

ChemDoodle 3D的构建控件可以清晰地模拟它们管理的原子和键。提供丰富的视觉反馈。还有许多选项可以根据您的喜好定制构建工具。

• 选择

直观的选择工具允许您快速跟踪、选择和编辑3D对象。为了更加准确，请使用选择器小部件，用于组织场景中的所有对象，允许您准确地调查和选择内容。

• 优化区域

在构建3D结构时，ChemDoodle 3D会自动建议三维空间中添加原子连接的Zui佳位置。这有助于你快速构建分子。然后你可以简单地打开小化器来优化物理坐标。没有其他程序有像ChemDoodle 3D这样的优化区域！

• 显示标签

ChemDoodle 3D的图形引擎可以漂亮地渲染文本。使用它来显示原子标签。您可以控制字体、大小和颜色。

• 属性

定义原子的电荷、原子团和同位素质量值。这些值也可以正确地读入和写入化学文件格式。

 

 

 

大大小小的3D科学图形！

 

• 大分子传输格式

ChemDoodle 3D还支持RCSB大分子传输格式，以令人难以置信的速度输入带有完整债券顺序信息的蛋白质数据库文件。

• 核酸阶梯模型

产生准确的核酸阶梯模型。这些模型可以着色，并通过样式控制。例如，您可以变更骨架厚度或平台高度。

• 插值算法

ChemDoodle 3D可以使用B样条算法或Catmull-Rom算法来生成模型。Catmull-Rom样条曲线创建更准确的模型，但是B样条曲线算法产生更平滑和更美观的结果。

 

 

 

无限重复化学

• 结晶学信息格式

ChemDoodle 3D从CIF文件中读取周期性数据，可以解析点群和对称性。提取对称几何形状的晶胞。

• 单位细胞和外推超细胞

渲染单位单元，并可以生成超单元。使用正交投影获得好的视图。

• nanotubes

构建扶手椅型、之字形和手性 nanotubes，有多种选择。 nanotubes的周期性系统是自动产生的。这是为其他应用输出 nanotubes几何形状的好方法。

 

 

 

操作系统：支持Windows、macOS和Linux

系统要求：

• Windows Vista/7/8/10/11+，macOS 10.11+ (El Capitan、Sierra、High Sierra、Mojave、Catalina、Big Sur、Monterey、Ventura或更新版本)，或Linux。
• 需要64位(x86_64或Apple Silicon)处理器。
• ChemDoodle 3D需要OpenGL v2.1驱动程序。
• 不低于1GB的内存。

 

【英文介绍】

 

iChemLabs is committed to producing high-quality, affordable and sustainable tools for chemists. Create chemical informatics and chemical graphics software. Products include ChemDoodle 3D, ChemDoodle 2D, ChemDoodle Web components and several other chemical working tools. Products are used by thousands of organizations worldwide, and our work powers some of the most important tools and companies in the industry.

 

A new perspective on chemistry

 

• Beautiful Scientific Models

We spend a very long time scrutinizing the models generated in ChemDoodle 3D. Take a close look at the renderings as you are rotating them to watch bonds orient towards the camera; every object mesh in the scene is built to merge with the others;

• Completly Customizable

All of the rendering in ChemDoodle 3D is controlled by styles defined by you. The styles can apply to the entire scene, selected content or individual objects.

• Advanced Text System

ChemDoodle 3D’s advanced 3D graphics engine can render text beautifully. Use this to show atom labels and more. You have full control over font, size and color.

• Custom Element Color Sets

In addition to the predefined Jmol, Rasmol, PyMOL and CDK color sets, you can also manually define your own elemntal color set to apply to molecule rendering.

• Projections

Both orthographic and perspective projections are available and can be switched instantly.

• Transparency

Transparency effects are just that, they let you see through objects in the scene. ChemDoodle 3D allows you to render transparent objects with or without back faces.

• Surfaces

ChemDoodle 3D can generate a number of surface types and color functions for any number of atoms. Visualize the space of your structures in ways other editors cannot.You can customize mesh algorithms, display types, normals, colors and more.Different types of surfaces are available, including van der Waals (VDW), solvent accessible surfaces (SAS) and solvent excluded surfaces (SES, Connolly).Color your surfaces through various functions to provide a physical perspective on the structure. Functions include by atom color, charges (Gasteiger, QEq, QTPIE), lipophilicity (AlogP98) and molar refractivity (AMR98).

• Orbitals

View atomic orbital models based on quantum numbers with the Orbitals widget. Many options are available for customizing the graphics, which can then be output to an image. A great way to view the different orbital shapes.

• Gamma Correction

Gamma correction alters the brightness model of the graphics to compensate for the non-linear brightness physics of your monitor. ChemDoodle 3D defaults to a standard value of 2.2, but you can change this as appropriate for your screen.