生物序列分析工具CodonCode Aligner的特性

CodonCode Aligner包括以下功能：

导入和导出

• 导入ABI、AB1或SCF格式的序列色谱图;导入FASTA、FASTQ、Sam、GenBank或EMBL格式的文本文件
• 导入样本子集（例如，每n个样本，或仅与项目中选定序列匹配的样本）
• 创建新的文本序列并按登录号从GenBank导入
• 将序列、共识序列、比对、蛋白质翻译导出到SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP或Phylip

序列编辑和修剪

• 手动编辑序列和重叠群，包括删除到样本或重叠群末端和重叠群拆分
• 自动编辑工具：调用或删除歧义、匹配共识、将低质量碱基转换为N、撤消自动编辑
• 使用工具栏按钮或键盘快捷键进行快速导航;用户可定义的感兴趣区域
• 端夹用于删除低质量序列;去除病媒污染

序列组装

• 使用局部、端到端或大间隙（cDNA到基因组）算法组装片段
• 准确、高质量的基于共识序列，蕞大限度地减少了手动编辑的需要
• 按名称组装，为许多克隆或标本构建单独的重叠群
• 与Phrap组装

序列比对

• 与参考序列对齐;将cDNA与基因组DNA比对
• 创建Bowtie2对齐并显示双端读取
• 构建“重叠群的重叠群”：使用MUSCLE或Clustal将重叠群相互对齐
• 双击从重叠群对齐返回到原始迹线
• 编辑序列轨迹、重叠群视图或重叠群的对齐方式，同时保持数据一致性

序列转换

• 显示每个序列的蛋白质翻译
• 在显示氨基酸和碱基之间来回切换
• 查看基于翻译的背景颜色
• 显示注释编码区域的共识序列的蛋白质翻译

吉布森组件

• 具有多达15个片段的虚拟Gisbon组件
• 自动挑选克隆引物
• 手动编辑引物以插入垫片或调整阅读框
• 在实验过程中直接导出引物。

限制克隆

• 模拟限制克隆动作
• 查看圆形和线性序列图
• 轻松找到矢量和插入物的匹配悬垂
• 通过查看阅读框架来验证克隆

限制映射

• 使用限制性内切酶的任意组合构建限制性图谱
• 按识别部位大小、悬垂、切割频率、制造商选择
• 以单线或多线地图、文本或虚拟凝胶的形式查看
• 通过单击限制图来选择限制片段进行复制

RFLP分析

• 自动识别产生不同凝胶泳道的限制性内切酶
• 比较重叠群中样品的切割位点
• 查看并打印预期的虚拟凝胶、每种酶的片段长度或与切割位点对齐的样品

引物设计

• 设计PCR和测序引物
• 在固定位置创建用于克隆的PCR引物
• 引物在模板序列中突出显示，以便于识别
• 每个引物都可以导入到您的项目中，并附有详细的引物信息
• 导出引物以供订购

系统发育树

• 为重叠群构建邻接树
• 为选定的碱基构建树，仅按特定区域的差异对样本进行排序
• 按树分割重叠群

突变检查与分析

• 调用序列迹线中的次级峰
• 灵敏地检查组装或对齐重叠群中的杂合SNP
• 查看和导出突变的氨基酸水平效应
• 准确、灵敏地检查杂合子插入和缺失
• 将杂合子插入缺失分裂成更短和更长的假等位基因
• 减去野生型痕迹以揭示突变的等位基因

差异表

• 使用差异表发现重叠群中的差异
• 通过单击差异表中的单元格来验证差异，以导航到重叠群中的差异
• 通过查看差异表的精简版本，大致了解所有差异
• 使用过滤器仅查看您感兴趣的差异
• 导出差异

定制

• 通过核苷酸、序列质量或氨基酸翻译的色基
• 隐藏与共识序列匹配的碱基
• 选择工具栏按钮和按钮样式
• 通过广泛的选项微调设置
• 锁定、保存或加载选项文件
• 使用脚本自动执行重复性任务

甲基化分析

• 根据ABI数据分析亚硫酸氢盐修饰、PCR和毛细管测序后胞嘧啶的甲基化
• 查看“原始”ABI跟踪数据
• 甲基化分析使用原始痕量数据，从而避免痕量“归一化”产生的伪影
• 获取单个序列的甲基化结果以及重叠群碱基的观察范围