生物序列分析工具CodonCode Aligner的特性

CodonCode Aligner包括以下功能:

 

导入和导出

  • 导入ABI、AB1或SCF格式的序列色谱图;导入FASTA、FASTQ、Sam、GenBank或EMBL格式的文本文件
  • 导入样本子集(例如,每n个样本,或仅与项目中选定序列匹配的样本)
  • 创建新的文本序列并按登录号从GenBank导入
  • 将序列、共识序列、比对、蛋白质翻译导出到SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP或Phylip

 

序列编辑和修剪

  • 手动编辑序列和重叠群,包括删除到样本或重叠群末端和重叠群拆分
  • 自动编辑工具:调用或删除歧义、匹配共识、将低质量碱基转换为N、撤消自动编辑
  • 使用工具栏按钮或键盘快捷键进行快速导航;用户可定义的感兴趣区域
  • 端夹用于删除低质量序列;去除病媒污染

 

序列组装

  • 使用局部、端到端或大间隙(cDNA到基因组)算法组装片段
  • 准确、高质量的基于共识序列,蕞大限度地减少了手动编辑的需要
  • 按名称组装,为许多克隆或标本构建单独的重叠群
  • 与Phrap组装

 

序列比对

  • 与参考序列对齐;将cDNA与基因组DNA比对
  • 创建Bowtie2对齐并显示双端读取
  • 构建“重叠群的重叠群”:使用MUSCLE或Clustal将重叠群相互对齐
  • 双击从重叠群对齐返回到原始迹线
  • 编辑序列轨迹、重叠群视图或重叠群的对齐方式,同时保持数据一致性

 

序列转换

  • 显示每个序列的蛋白质翻译
  • 在显示氨基酸和碱基之间来回切换
  • 查看基于翻译的背景颜色
  • 显示注释编码区域的共识序列的蛋白质翻译

 

吉布森组件

  • 具有多达15个片段的虚拟Gisbon组件
  • 自动挑选克隆引物
  • 手动编辑引物以插入垫片或调整阅读框
  • 在实验过程中直接导出引物。

 

限制克隆

  • 模拟限制克隆动作
  • 查看圆形和线性序列图
  • 轻松找到矢量和插入物的匹配悬垂
  • 通过查看阅读框架来验证克隆

 

限制映射

  • 使用限制性内切酶的任意组合构建限制性图谱
  • 按识别部位大小、悬垂、切割频率、制造商选择
  • 以单线或多线地图、文本或虚拟凝胶的形式查看
  • 通过单击限制图来选择限制片段进行复制

 

RFLP分析

  • 自动识别产生不同凝胶泳道的限制性内切酶
  • 比较重叠群中样品的切割位点
  • 查看并打印预期的虚拟凝胶、每种酶的片段长度或与切割位点对齐的样品

 

引物设计

  • 设计PCR和测序引物
  • 在固定位置创建用于克隆的PCR引物
  • 引物在模板序列中突出显示,以便于识别
  • 每个引物都可以导入到您的项目中,并附有详细的引物信息
  • 导出引物以供订购

 

系统发育树

  • 为重叠群构建邻接树
  • 为选定的碱基构建树,仅按特定区域的差异对样本进行排序
  • 按树分割重叠群

 

突变检查与分析

  • 调用序列迹线中的次级峰
  • 灵敏地检查组装或对齐重叠群中的杂合SNP
  • 查看和导出突变的氨基酸水平效应
  • 准确、灵敏地检查杂合子插入和缺失
  • 将杂合子插入缺失分裂成更短和更长的假等位基因
  • 减去野生型痕迹以揭示突变的等位基因

 

差异表

  • 使用差异表发现重叠群中的差异
  • 通过单击差异表中的单元格来验证差异,以导航到重叠群中的差异
  • 通过查看差异表的精简版本,大致了解所有差异
  • 使用过滤器仅查看您感兴趣的差异
  • 导出差异

 

定制

  • 通过核苷酸、序列质量或氨基酸翻译的色基
  • 隐藏与共识序列匹配的碱基
  • 选择工具栏按钮和按钮样式
  • 通过广泛的选项微调设置
  • 锁定、保存或加载选项文件
  • 使用脚本自动执行重复性任务

 

甲基化分析

  • 根据ABI数据分析亚硫酸氢盐修饰、PCR和毛细管测序后胞嘧啶的甲基化
  • 查看“原始”ABI跟踪数据
  • 甲基化分析使用原始痕量数据,从而避免痕量“归一化”产生的伪影
  • 获取单个序列的甲基化结果以及重叠群碱基的观察范围

 

 

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2024-06-03 15:00
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