生物序列分析工具CodonCode Aligner的特性
CodonCode Aligner包括以下功能:
导入和导出
- 导入ABI、AB1或SCF格式的序列色谱图;导入FASTA、FASTQ、Sam、GenBank或EMBL格式的文本文件
- 导入样本子集(例如,每n个样本,或仅与项目中选定序列匹配的样本)
- 创建新的文本序列并按登录号从GenBank导入
- 将序列、共识序列、比对、蛋白质翻译导出到SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP或Phylip
序列编辑和修剪
- 手动编辑序列和重叠群,包括删除到样本或重叠群末端和重叠群拆分
- 自动编辑工具:调用或删除歧义、匹配共识、将低质量碱基转换为N、撤消自动编辑
- 使用工具栏按钮或键盘快捷键进行快速导航;用户可定义的感兴趣区域
- 端夹用于删除低质量序列;去除病媒污染
序列组装
- 使用局部、端到端或大间隙(cDNA到基因组)算法组装片段
- 准确、高质量的基于共识序列,蕞大限度地减少了手动编辑的需要
- 按名称组装,为许多克隆或标本构建单独的重叠群
- 与Phrap组装
序列比对
- 与参考序列对齐;将cDNA与基因组DNA比对
- 创建Bowtie2对齐并显示双端读取
- 构建“重叠群的重叠群”:使用MUSCLE或Clustal将重叠群相互对齐
- 双击从重叠群对齐返回到原始迹线
- 编辑序列轨迹、重叠群视图或重叠群的对齐方式,同时保持数据一致性
序列转换
- 显示每个序列的蛋白质翻译
- 在显示氨基酸和碱基之间来回切换
- 查看基于翻译的背景颜色
- 显示注释编码区域的共识序列的蛋白质翻译
吉布森组件
- 具有多达15个片段的虚拟Gisbon组件
- 自动挑选克隆引物
- 手动编辑引物以插入垫片或调整阅读框
- 在实验过程中直接导出引物。
限制克隆
- 模拟限制克隆动作
- 查看圆形和线性序列图
- 轻松找到矢量和插入物的匹配悬垂
- 通过查看阅读框架来验证克隆
限制映射
- 使用限制性内切酶的任意组合构建限制性图谱
- 按识别部位大小、悬垂、切割频率、制造商选择
- 以单线或多线地图、文本或虚拟凝胶的形式查看
- 通过单击限制图来选择限制片段进行复制
RFLP分析
- 自动识别产生不同凝胶泳道的限制性内切酶
- 比较重叠群中样品的切割位点
- 查看并打印预期的虚拟凝胶、每种酶的片段长度或与切割位点对齐的样品
引物设计
- 设计PCR和测序引物
- 在固定位置创建用于克隆的PCR引物
- 引物在模板序列中突出显示,以便于识别
- 每个引物都可以导入到您的项目中,并附有详细的引物信息
- 导出引物以供订购
系统发育树
- 为重叠群构建邻接树
- 为选定的碱基构建树,仅按特定区域的差异对样本进行排序
- 按树分割重叠群
突变检查与分析
- 调用序列迹线中的次级峰
- 灵敏地检查组装或对齐重叠群中的杂合SNP
- 查看和导出突变的氨基酸水平效应
- 准确、灵敏地检查杂合子插入和缺失
- 将杂合子插入缺失分裂成更短和更长的假等位基因
- 减去野生型痕迹以揭示突变的等位基因
差异表
- 使用差异表发现重叠群中的差异
- 通过单击差异表中的单元格来验证差异,以导航到重叠群中的差异
- 通过查看差异表的精简版本,大致了解所有差异
- 使用过滤器仅查看您感兴趣的差异
- 导出差异
定制
- 通过核苷酸、序列质量或氨基酸翻译的色基
- 隐藏与共识序列匹配的碱基
- 选择工具栏按钮和按钮样式
- 通过广泛的选项微调设置
- 锁定、保存或加载选项文件
- 使用脚本自动执行重复性任务
甲基化分析
- 根据ABI数据分析亚硫酸氢盐修饰、PCR和毛细管测序后胞嘧啶的甲基化
- 查看“原始”ABI跟踪数据
- 甲基化分析使用原始痕量数据,从而避免痕量“归一化”产生的伪影
- 获取单个序列的甲基化结果以及重叠群碱基的观察范围
2024-06-03 15:00
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2023-09-06
REFPROP正版软件基本操作指南
这份REFPROP正版软件基本使用方法指南详细介绍了从启动软件到查询流体物性的步骤。您将了解如何选择流体、查询指定点的物性、查询饱和状态的物性以及创建物性图表。无论您是初学者还是专家,这个指南都将帮助您轻松掌握REFPROP软件的操作技巧。
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2023-12-06
Pipe Flow Expert 中文快速入门指南:精通管道设计与流体动力学
深入了解PipeFlowExpert中文快速入门指南,掌握管道设计和流体动力学的基础知识。本指南涵盖了绘图界面的使用技巧、单位转换(公制或英制)、储罐和流体源的应用,以及连接点或节点的设置。详细介绍流量需求的计算方法、管道流向的分析技巧,以及如何设计开放式和封闭式管道系统。学习如何有效预防管道回流,以及如何选择和使用管道图门、管件、控制阀和喷头。此外,本指南还提供泵型号的选择指导和负流量泵的使用方法,旨在帮助初学者和行业人员提高在管道系统设计和分析中的技能和效率。
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2019-11-26
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e!Sankey 5有新和改进。开发了新功能,对用户界面进行了现代化处理,并在处理细节时使操作舒适。
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