Diamond - 分子结构可视化软件

Diamond是分子和晶体结构可视化软件。它集成了多种功能，克服了晶体结构数据的工作 - 在研究和教育以及出版物和演示中。

Diamond不只像大多数竞争项目那样绘制分子和晶体结构的精美图片。它提供了一组广泛的函数，让您可以根据一组基本结构参数（单元、空间群、原子位置）轻松的对晶体结构的任意部分进行建模。凭借其高数据容量、从分子生成到构建相当复杂的无机结构框架的广泛功能，Diamond是分析和固态化学家以及表面和材料科学家的综合工具。

Diamond功能：

下面概述了Diamond 4的新功能

自动和批量结构图片创建：

查看新的“自动图片创建器”停靠窗格，自动将建筑选项、图片设计和查看方向的更改直接应用于结构图片，以及作为一种样式设计方案可让您轻松转换结构图片以进行演示或发布的工作表。

自动图片创建器

“自动图片创建器”停靠窗口包含您所知道的建筑方案的全部选项，以及您从“图片创建助手”中了解的图片设计和查看方向的设置。启用后，结构图片会自动反映您在“自动图片创建器”窗口中所做的全部更改—这意味着某种“自动应用”建筑方案。例如，当您更改xmin...zmax边界时，单元格范围（或包装图）会自动增加/减少（并且其他分子会出现或消失）。

自动图片创建器分为三类：“图片建筑”（可以选择建筑方案或Diamond建议的建筑）、“图片设计”（可以选择设计方案）和“图片查看”（其中您选择投影和观看方向）。

注意：如果您更喜欢手动构建结构图片—Auto Picture Creator是可选的并且可以关闭—您也可以访问您从Diamond 3及更早版本中了解的（手动）构建功能。

设计方案的定义和应用

一个共同的需求是对不同目的的结构图片使用不同的设计，例如深色背景的屏幕演示、白色背景的彩色打印输出或出版物的黑白草图。出于这些目的，您可以从一组预定义的设计方案中进行选择，或者从当前设置中定义一个新方案以供以后应用。（您可以将其与文字处理器中的“样式表”进行比较。）因此您无需一次又一次的更改结构图片中的原子和键颜色等。

增强的自动结构图片创建

默认情况下，Diamond会自动为新的（导入的）结构创建结构图片。相对于Diamond 3中已有的自动创建功能得到了增强，并以更好的方式考虑了结构的化学性质和单个原子环境（分子结构与典型的无机结构）。您可以关闭此自动图片创建或使用单独定制的建筑方案—或使用“自动图例创建器”。

改进的构建方案

构建方案（在Diamond 3中称为“自动构建”）已得到增强，以反映支持非键接触和氢键定义的新功能以及新的包装和分子簇创建功能。（“图片创建助手”的相应页也反映了这些扩展。）现在也可以以“立即应用”的方式运行构建方案（稍作更改并从头开始重新创建图片），因此您可以更好的体验您的结构。

提高生产力：

了解Diamond 4中的新工作模式，在探索晶体或分析结构期间更直观的旋转、移动或缩放的“抓取模式”，原子周围原子和分子的“相邻预览”（键、分析）在鼠标光标下，有几个选项可以使用鼠标滚轮来改变属性（放大系数、放大/缩小、改变原子半径）或改变周围环境（展开分子簇等）（“鼠标滚轮”)。

具有直观旋转、移动和缩放的新模式

有一种新的（除了现在所说的“选择模式”之外）工作模式，即“抓取模式”，通过鼠标左键抓取原子，向右移动结构，您可以旋转或移动结构图片按下鼠标按钮，或使用鼠标滚轮更改放大系数。这样做，您仍然可以选择对象。（单击对象时按住Ctrl或Shift键）。因此，您无需在正常选择模式和不同跟踪模式之一之间切换，例如“沿x/y轴移动/旋转“等。

相邻预览

您可以使用鼠标滚轮按钮激活鼠标下原子附近的原子和键（分析、多面体等）的（半透明）预览。使用鼠标滚轮增加或减少预览搜索范围。再次单击滚轮按钮以将预览带入图片。

使用鼠标滚轮单独编辑属性或周围环境

除了上面提到的相邻预览之外，还有几个功能可以通过鼠标滚轮按钮启动并通过鼠标滚轮更改设置：

-更改放大系数

-放大/缩小或改变透视印象

-改变原子半径或厚键管的半径

-查找与相邻原子或分子的联系

-从一个或一些分子扩展到更大的相邻分子簇

改进的键合球评估（连接性）

键长表和平均原子间距离表以及有效半径表已得到改进，以便为导入的结构获得更高的预定义键合群。除此之外，您可以使用原子位点环境研究的结果作为键合球的基础。

将原子环境单独定义到原子位点

您可以单独定义每个位点的原子环境，因为键合球体的方法可能过于不准确，并且没有考虑某个原子组的不同位点。原子位点环境可以从它们的Voronoi多面体的计算中得出。在很多利用（协调）球体或搜索键的结构图片构建命令中，“原子环境”可作为附加选项使用。

更快的结构图片绘制和抗锯齿

结构图片绘制已经通过调整顶点的数量来加速，以根据个人情况构建一个大或小的原子碗等。在您的结构旋转等期间，顶点分辨率可以另外（并且可选的）被切换。另一方面，抗锯齿可用于减少锯齿线条状。

改进的对象选择

拥有包含大量原子和键以及其他对象（如标签、原子向量等）的结构图片。通过在结构图片中单击某个对象来捕捉某个对象可能会成为一项艰巨的任务。现在，Diamond提供了一个选择过滤器，例如可以单击键下的向量。除了正常的选择模式，Diamond还提供加法和减法选择。因此，当[取消]选择结构图片中的很多对象时，您无需按钮Ctrl或Shift键。

分子和聚合物的扩展功能：

概述创建堆积图（细胞范围、球体、平板或分子切片）的几个选项，关于非键接触点的支持和H 键的改进处理。并且还有一些新功能可以应用于大分子或有机和无机聚合物（分子簇的扩展，聚合物骨架的生长或切割，泵送无机框架）。

新的多面体功能：

每个原子位点的“原子环境”都作为新的可选标准来定义配位多面体的原子（或配位球）。构建具有相当复杂几何形状的多面体将有多种功能，例如从原子或键构造，在同一位置的原子之间单击、复制和粘贴多面体来组合或分裂多面体面。

搜索结构数据：

阅读有关访问晶体结构数据库COD（“晶体学开放数据库”），包括（其中包括）AMCSD以及来自IUCr期刊的CIF文件。

改进的用户界面：

查看允许更好地集成和关联不同视图（结构图片、表格、粉末图案等）的新的或改进的用户界面元素。

更好地集成文档的不同视图

在 Diamond 3 中，您有不同的视图类型：结构图片编辑、结构图片缩略图调查、粉末图案、距离和角度表以及结构数据集表。在 Diamond 4 中，您现在可以在编辑结构图片时与结构表和其他图片的缩略图并排查看数据表或距离表或粉末图案。