Primer Premier - PCR引物设计软件

Primer Premier是设计和分析PCR引物的软件。通过自动避免同源性和模板二级结构来设计高扩增效率的引物。

 

标准PCR检测的引物设计

Primer Premier的搜索算法使用nearest邻热力学算法查找具有准确解链温度的理想PCR、多重和SNP基因分型引物。在按照排序报告适合您的序列的引物之前，先筛选引物的二级结构、二聚体、发夹结构、同源性和物理特性。配备方便的计算器，您可以方便的操作序列并分析引物设计的结果。

 

SNP基因分型分析的引物设计

使用Primer Premier，您可以从dbSNP加载序列，并选择设计的引物位于SNP的两侧。通过在标准GenBank/dbSNP文件中将它们指定为变异特征，也可以加载数百个未发布的SNP。在指定SNP后，可以设计引物以放大它们以使用基于探针的化学方法进行检测。

 

 

多重检测

对于多重实验，Primer Premier使您能够以批处理模式启动引物搜索，然后检测所设计引物的交叉反应性，从而减少错误引物。

 

自动同源性和模板结构避免

Primer Premier会自动解释BLAST搜索结果并避开这些区域来设计与数据库具有交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中突出显示，并在引物搜索期间被避开。

 

由于在延伸温度下存在模板结构，引物延伸可能会受到阻碍。为了避免模板可能自行折叠的全部此类区域，该程序利用专有算法在您指定的折叠温度下检查模板内可能的二级结构。参与二级结构形成的区域在序列视图中标有下划线，并在设计引物时被避开。

 

避免同源区域使寡核苷酸具有高度特异性，避免模板结构提高了设计引物的效率。

 

手动引物搜索

Primer Premier为用户提供对引物设计的控制。使用手动引物搜索选项，用户可以选择模板序列上的任意位置来设计有义或反义引物。Primer Premier会立即计算并显示新引物的特性。用户结果选择的引物随后显示在主窗口的序列视图中。

 

编辑模板序列

模板序列是可编辑的并且可以由用户更改。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基础。可以使用删除按钮删除不需要的序列区域。用户可以评论或注释序列并保存它们以供将来参考。

 

特征：

新改进的搜索算法

• 新改进的搜索算法

• 自动同源性和模板结构避免

• 序列视图以可视化序列上的引物

• 新改进的图形用户界面

 

 

 

自动序列检索

使用登录号/GI编号和检测ID将批次序列直接从GenBank和dbSNP快速检索到程序中。使用多重检索工具，可以从本地驱动器加载序列。

 

自动同源性和模板结构避免

引物特异性可以通过在程序中执行BLAST搜索和搜索模板结构来实现。在设计引物时会使用这两种搜索的结果。在引物设计过程中会自动避开具有显著交叉同源性和模板结构的区域。

 

评估预先设计的引物

Primer Premier分析和评估预先设计的引物的特性并对它们进行排序，以便您判断引物与所需目标值的距离。如果您使用已发布或预先设计的经过充分验证的引物，此功能很有用。还可以评估具有多达5个错配的引物。

 

对于特定的引物，Primer Premier甚至可以设计兼容的套装。例如，对于预先设计或发布的正向引物，Primer Premier可以找到符合全部设计标准的兼容反向引物。

 

您甚至无需输入模板序列即可评估正向/反向引物或引物对。Primer Premier显示正在分析的寡核苷酸的全部属性，并以HTML或csv文件格式导出。对引物进行排名，使您能够判断它们与目标值的接近程度。

 

手动引物搜索

Primer Premier提供对用户手中的引物设计的控制。使用手动引物搜索选项，用户可以单击模板序列上的任意核苷酸以在他们选择的位置获取引物。Primer Premier设计了一个3'末端位于该核苷酸的引物，并立即分析其特性。根据用户的方便，也可以增加/减少引物的长度。对于诱变和克隆。此功能有助于在其他受限区域获得理想设计。Primer Premier能够沿着DNA序列“滑动”引物序列，实时显示特性，使用户能够可视化定位寡核苷酸的理想位置。

 

编辑模板序列

可以编辑模板序列。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改碱基，将感兴趣的位置归零。可以通过选择它们并单击删除来删除不需要的序列区域。该程序还允许用户为序列添加注释或注释以供将来参考。

 

序列视图

所选系列可以以每块3或10个碱基、单链或双链的形式查看。设计的引物被标记，有义引物为蓝色，反义引物为红色。选定的SNP标记为粉红色。同源区域以黄色突出显示，参与模板结构的碱基加下划线。您可以将“序列视图”与引物设计结果一起以csv或HTML格式导出。

 

生成报告

您可以为您的实验室笔记本设计的化验以及与同事共享信息创建演示质量报告。该报告可视化引物在序列上的位置，包括备用引物列表，显示引物、扩增子和序列特性以及引物设计程序使用的设计参数。

 

本地和桌面BLAST选项

您可以使用本地和桌面BLAST选项对本地自定数据库对您的序列进行BLAST。在您的计算机上创建一个文本或FASTA格式的序列数据库，然后从Primer Premier中对您的查询序列进行BLAST。然后将结果用于引物设计。如果您不想在Internet上提交您的数据，或者您正在处理未发布的信息，这种支持很有用。

 

计算器

内置计算机计算GC%，显示碱基计数，使您能够获得互补链和反向互补链。

 

数据和数据库管理

可以创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以方便管理多个实验的数据。维护用于序列信息和搜索结果的本地数据库。

 

系统要求：

 

 

对于Windows	需要	推荐
CPU	Pentium IV 1.80 GHz	Intel Core i3 (3rd Gen)
RAM	1GB可用RAM	2GB或更高的可用RAM
硬盘空间	500MB可用硬盘	1GB可用硬盘
屏幕分辨率	800×600	1024×768

Windows支持的平台：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10

 

【英文介绍】

 

Primer Premier is the most comprehensive software to design and analyze PCR primers.

 

Primer Premier's search algorithm finds optimal PCR, multiplex and SNP genotyping primers with the most accurate melting temperature using the nearest neighbor thermodynamic algorithm. Primers are screened for secondary structures, dimers, hairpins, homologies and physical properties before reporting the best ones for your sequence, in ranked order. Equipped with a handy calculator, you can easily manipulate sequences and analyze the results of your primer design.

 

Primer Design for SNP Genotyping Assays

With Primer Premier, you can load sequences from dbSNP and have the primers designed flanking the SNP selected. Hundreds of unpublished SNPs can also be loaded by specifying them as variation features in standard GenBank/dbSNP files. After specifying the SNPs, primers can be designed to amplify them for detection using a probe-based chemistry.

 

Multiplex Assays

For a multiplex experiment, Primer Premier enables you to launch a primer search in batch mode and then checks the cross reactivity of the primers designed, thereby reducing false priming.

 

Automatic Homology & Template Structure Avoidance

Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.

 

Primer extension may be hindered due to the presence of template structures at extension temperature. To avoid all such regions, where the template may fold upon itself, the program utilizes a proprietary algorithm to check for possible secondary structures within the template at a folding temperature you specify. The regions involved in the formation of a secondary structure are underlined in the sequence view and are avoided while designing primers.

 

Avoiding homologous regions makes the oligos highly specific and avoiding template structures improves the efficiency of the designed primers.

 

Manual Primer Search

Primer Premier offers complete control over primer design to the user. Using the manual primer search option, a user can select any position on the template sequence to design a sense or an anti-sense primer. Primer Premier instantly calculates and displays the properties of the new primers. The primers finally selected by a user are then shown in the Sequence View on the Main window.

 

Edit Template Sequence

The template sequence is editable and can be changed by a user. Bases can be modified using the standard Cut/Copy/Paste functions. Unwanted regions of sequences can be removed by using the Delete button. Users can comment or annotate a sequence and save them for future reference.