生物分子解卷积和报告软件ProMass新版本5.0已正式发布

当前版本：Xcalibur ProMass STD/HR，版本5.0，第2版，于2023年8月4日发布。

ProMass HR中添加了一种名为OligoSeq的新工具，用于使用高分辨率MS/MS或CID数据确认寡核苷酸序列。

给定输入的寡聚序列和脱同位素质谱片段谱，OligoSeq可以将预测的零电荷片段与脱同位素谱相匹配，并生成Excel序列覆盖率报告和图表。序列确认图是显示源自3′或5′端的片段的总强度的叠加图。使用OligoSeq功能需要一个Microsoft Excel实例。

增加了对PPL反褶积或脱掺杂结果应用质量偏差校正因子（ppm）的能力。

这是一种校正数据中可能没有很好校准的恒定系统质量偏差的方法。这允许用户运行已知标准来确定校准偏差，并将质量偏差校正应用于后续数据集。该参数只能应用于ProMass HR中的PPL处理数据，对ZNova反褶积结果没有影响。使用样本列表的ZNova参数字段中的-B选项应用质量偏差。

ZNova的峰值检查方法已经进行了改进，以去除非峰值并添加峰值，其中在两个蕞大值之间检查到显著的谷。

对于ZNova去卷积，ProMass检查两个相邻蕞大值之间的局部蕞小值。如果局部蕞小值的信号下降不低于两个蕞大值的蕞低信号的蕞小峰谷%，则这两个质量峰被认为是不同的峰。否则，忽略局部蕞小值，并将较小的峰值合并到较大的峰值中。默认的蕞小峰谷为20%。如果要拒绝肩部峰值，请增加此设置（80-100）。要提高检查肩部和部分分辨峰值的能力，请减小此设置（10-20）。此设置对PPL去掺杂或PPL电荷去卷积没有影响，因为PPL算法有自己的峰值检查方法。ZNova去卷积的默认谷值设置为20%。新的ZNova峰值发现算法还包括与集成区域的居中。用户可以使用-V选项设置峰值的蕞小%谷值定义。

增加了一个功能，通过将单同位素质量乘以模板分子式中的平均/单同位素质量之比，将脱同位素数据中观察到的单同位素质量转换为平均质量。这仅适用于ProMass HR中的PPL脱掺杂质谱。

对于手动处理，添加了处理CSV或文本文件的功能，因为Thermo FreeStyle只能导出CSV质谱，而不能像Qual Browser一样将质谱导出到剪贴板。

对于高分辨率数据，添加了一个新功能，以自动优化Xcalibur处理方法中的质量公差，从而在不扭曲原始数据的情况下适当添加扫描，如本技术文章所述：

• 如果使用处理方法中的默认设置（500 mmu），ProMass将根据原始文件中的仪器分辨率设置应用优化逻辑来优化质量公差。如果要覆盖ProMass优化设置，可以设置ppm值。这仅适用于高分辨率（例如Orbitrap）数据。

电荷归一化评分函数高低滤波器已经得到改进，以便为低电荷候选者提供更可靠的结果。这主要影响低质量肽或较短寡聚体的去卷积，其中只有少数电荷态可用于确定质量。