分子生物学软件SnapGene 8.0.0：全新功能发布与大量问题修正的重大更新
SnapGene 8.0为主要数据查看器带来了全新的外观和体验，具备批量注释和数据使用的新功能，以及编辑与参考序列比对的新方法。
功能亮点
1. 批量注释质粒的特征和引物
可快速检 测常见特征，并将引物列表添加到项目文件夹面板中所选的多个序列上，还能更改序列属性（如甲基化和拓扑结构），轻松对所选序列进行比对和凝胶模拟。
2. 现代化、简化的图谱、序列、特征和引物视图
更新后的图谱、序列、特征和引物视图经过了重构和简化，突出关键数据和功能，在特征和引物表中添加了灵活的筛选和排序功能。
3. 编辑与参考DNA序列的比对
使用“与参考DNA序列比对”功能时，现在可以通过编辑桑格测序痕迹和虚拟构建中的缺口位置来放心地验证序列。
4. 增强文件和文件夹交互功能
通过改进文件夹面板中的文件选择以及对未保存文件的新可视化和使用方式，简化了数据管理。
详细变化
1. 增强项目中多个文件的注释和转换功能
- 在多个DNA文件中导入特征或检 测常见特征。
- 从列表或SnapGene、VNTI或Clone Manager文件中将引物导入到多个序列上。
- 对多个核苷酸文件进行环化、线性化或翻转。
- 更改多个序列的文件属性，包括甲基化、拓扑结构和链的方向性。
- 为多个DNA文件选择要显示的酶。
- 编辑多个序列的DNA或RNA末端。
- 为多个序列生成DNA、RNA或蛋白质。
- 清理多个文件中的历史记录。
2. 增强项目中的文件管理能力
- 增加了选择文件夹的功能，并显示部分文件夹选择的提示。
- 可快速清 除整个选择或按类型取消选择文件。
- 通过按住Option/Alt键并点击给定文件类型的文件计数右侧的X，可以取消选择其他类型的文件。
- 在关闭项目窗口中的蕞后一个选项卡时，文件/文件夹选择将被清 除。
- 增加了帮助链接。
- 改进了对未保存更改的可视化和使用。在文件夹面板和选项卡中的文件旁边会显示一个黄色圆点，在项目文件夹树的顶部会显示一个警告。在项目中增加了“全部保存”“全部丢弃”或“选择未保存文件”的选项。
3. 现代化的图谱和序列视图
- 将选项卡移到顶部，选择栏移到底部。
- 将序列视图的小地图移到视图底部。
- 将所选酶集指示器移到选择栏。
- 将左下角的缩放按钮（仍可通过视图菜单访问）替换为查找按钮，用于切换搜索控件，并增加了在查看单链RNA或单链DNA结构时进行搜索的支持。
- 将底部的“描述面板”复选框替换为顶部的“信息”按钮。
- 将左上角的“语言”按钮替换为“设置”按钮。
- 通过将不常用的指令移到侧边菜单和/或右上角的新显示按钮，简化了侧边工具栏。无论视图选项设置如何，现在都显示一致且可预测的图标。
- 更新了历史视图右上角控件的外观和感觉，以及在没有历史记录时显示的消息。
- 在右上角添加了一个绿色复选标记图标，用于指示序列是否“经实验确认”。
- 更新、添加和现代化了许多工具提示，现在显示无延 迟。
- 现代化且可关闭的警报从顶部移到了右下角。对于无法显示的内容（如酶、特征或引物）的警报现在包含一个指向综合列表的链接以及用户如何查看更多所需内容的信息。
4. 现代化的特征和引物视图
- 外观和体验现代化，允许展开和折叠单个特征和引物。
- 将查找字段移到顶部，用于过滤表格，查找匹配项在表格中突出显示。
- 增加了按相反方向对列进行排序的能力。
- 增加了使用颜色选择器快速更改注释颜色的能力。
- 增加了复选框来指示和修改选择。
- 增加了关于替代起始密码子的工具提示。
- 在查看与参考序列的比对时，增加了跨缺口移动碱基的支持。通过箭头键单次或完 全（按住Alt或Option键）跨缺口移动碱基。
5. 更新限制酶数据库
- 新增了EURx的HpySP4III。
- 新增了新英格兰生物实验室的PsiI - v2、TaqI - v2、AleI - v2、BsrFI - v2和WarmStart® Nt.BstNBI。
- 新增了NYZTech的快速酶。
- 新增了宝生物的RspRSII。
- 新增了Vivantis的快速消化酶。
- 新增了EURx和CHIMERx的CviJI⭑。
- 新增了普洛麦格的EclHKI。
- 新增了罗氏的BmyI和SauI。
- 新增了SibEnzyme的KroNI和SspMI。
- 修正了Nb.Mva1269I的名称。
- 添加了Enzynomics、USBiological Life Sciences和Yeasen供应商信息。
- 更新了新的缓冲液和酶活性、推 荐的缓冲液和缓冲液颜色。
- 标记了已停产的酶。
- 更新了供应商网站链接。
- 改进了酶数据库对话框，改进了默认大小，停产的酶现在以灰色斜体显示，将增强型酶移到顶部，删除了供应商视图顶部的酶列表。
- 支持从所选比对的一致性序列中创建“从选择创建新文件”。
- 在项目的下拉菜单中添加了“打开近期项目”和“创建项目”*作。
- 将荧光蛋白CDS mEos3.1添加到常见特征数据库。
6. 其他改进
- 在引物不存在的情况下，通过删除引物选项卡、侧边工具栏中的引物按钮和杂交选项链接，简化了设计合成构建对话框。
- 使用单个确认对话框来简化关闭多个窗口或选项卡（保存或丢弃未保存的更改）的*作。
- 允许选择和复制html格式窗口中的文本，如Tm计算方法或比对算法的摘要。
- 将选项卡拖到降 低的窗口上，经过短暂延 迟后窗口会升起，以便将选项卡放置在上面。
- 减少了序列视图中的左边距，并将翻译方向指示器移近序列。
- 简化了右键单击比对序列内容时提供的*作。
- 简化了祖先序列中特征和引物的上下文菜单。
- 在“开始”窗格中添加了“新特性”部分。
错误修正
1. 修正了在Windows上打开或处理具有大量历史记录的文件时的稳定性问题。
2. 修正了从GenBank和Geneious导入的环状序列中某些反向链特征的特征片段顺序。
3. 修正了在Windows上比对100 kb以上序列与参考序列时可能出现的崩溃问题。
4. 修正了导出时约25,400个碱基以上的一致性序列被截断的问题。在导出无缺口的多序列比对的一致性序列时，现在提供了文件格式选项。禁止使用SnapGene格式导出包含缺口的多序列比对的一致性序列。
5. 修正了使用“从选择创建新文件”功能处理某些比对时可能出现的卡顿问题。
6. 提高了打开大文件时的稳定性。
7. 准确报告Parasail版本。
8. 改进了低分辨率显示器上的新文件窗格。
9. 改进了调整拆分视图大小时鼠标指针的更新。
10. 确保在视图拆分时，侧边工具栏中的“与参考比对”按钮显示。
11. 修正了在“编辑DNA末端”对话框中拖出选择区域的问题。
12. 提高了使用Flexera许可证退出时的稳定性。
13. 修正了在文件和文件夹面板中通过点击和拖动移动文件夹中单个文件时也会移动该文件所在文件夹的问题。
14. 修正了导出序列时，如果指定的文件扩展名是允许的但不是文件格式的默认扩展名，则该扩展名未被保留的问题。
15. 确保在合并所有窗口后项目窗口置顶。
16. 改进了使用多个屏幕时窗口和其他控件的放置。
17. 确保从窗口拖出的选项卡放置在它们被放下的屏幕上。
18. 修正了选择包含单个文件的文件夹会导致该文件在选项卡中打开的问题。
19. 修正了在项目中搜索时，在未加引号的查询中阻止包含括号的问题。
20. 修正了在项目搜索中，在引号内的查询中包含制表符和除常规空格以外的其他空格字符的问题。
21. 修正了在从打开的序列复制和粘贴区域或特征时新文件窗格未自动填充上下文信息的回归问题。
22. 确保在从打开的序列复制和粘贴时，新文件窗格中的“转移特征”复选框自动选中。
23. 修正了点击“显示详细信息”时，取消“全部保存”会显示从未保存过的序列的无意义文件名的问题。
24. 更新了“关于”对话框中的QNtp链接。
25. 修正了导出到GenBank时在LOCUS行上对分子类型编码的各种问题。
26. 修正了导出到GenBank时，如果序列名称少于16个字符，则在LOCUS行上序列名称左侧插入空格的问题。
27. 修正了Windows上某些下拉菜单的渲染问题。
28. 修正了在“更改甲基化”对话框中指定的转化菌株未在描述面板中反映的问题。
29. 修正了在历史视图中使用上下文菜单取消突出显示限制位点的使用会导致所有限制位点的突出显示都被移除的问题。
30. 提高了在蛋白质比对中创建/编辑蛋白质特征时的稳定性。
31. 移除了对齐序列的“移除突出显示”和“清 除突出显示”上下文菜单，因为这些指令不起作用，并且对于对齐序列没有意义，因为切割位点的位置将与参考序列不同。
32. 修正了使用上下文菜单在对齐序列中隐藏或移除酶不起作用，或者在参考序列中进行此指令不会导致对齐序列更新（反之亦然）的各种问题。
33. 移除了复制对齐序列特征翻译的上下文菜单，因为它不起作用，并且这样做可能会有问题，因为由于修剪，整个特征及其翻译可能不可见。
34. 提高了环化单链序列时的稳定性。
35. 当水平空间有限时，通过收起选项卡并显示“更多”按钮改进了选项卡栏。
36. 改进了导致建议“组装重叠群”的选择情况。
37. 修正了在序列视图中跨越特征边界的密码子有时翻译错误或不显示翻译的各种问题。
38. 修正了在macOS上按住Option键时使用备用菜单使用的问题。
39. 修正了在文件和文件夹面板中选择别名、符号链接或镜像文件的问题。
40. 修正了注销时的误导性消息。
41. 提高了从列表导入引物时的稳定性。
42. 提高了在处理器较少、内存较小的较慢计算机上模拟金门克隆时的稳定性。
43. 提高了在Windows上使用键盘调整下拉菜单时的稳定性。
44. 修正了环化单链序列时的崩溃问题。
45. 提高了从NCBI导入时的可靠性。
46. 提高了使用Flexera共享许可证时的可靠性。
47. 改进了从GenBank解码特征方向性的功能。
48. 修正了导出到GenBank或FASTA格式时的序列跟踪名称。
49. 在导出到GenBank时正确编码RNA分子类型在LOCUS行上。
其他说明
- 将固定宽度字体更改为Liberation Mono。
- 合并了SnapGene和SnapGene查看器应用程序，以提供简化的升级体验，并简化应用程序的安装和管理。
- 更新了各种第三方工具：io_lib更新到1.14.15，Parasail更新到2.6.1，Qt更新到6.2.12。
