SnapGene - 分子生物学软件

SnapGene是一款多功能的分子生物学工具，能够直观的注释分析和DNA图谱，用于创建和共享注释文件，帮助用户清晰地为分子生物学绘制相关图形，生物相关的用户不要错过！

SnapGene可帮助用户计划，可视化和记录您的日常分析生物学程序，并为大家提供更安全的方法，现在DNA构建体都可以用电子格式记录，它节省了大量的时间和金钱，并且方便使用者发现问题，制作决策和方案，软件界面友好，使用方便，是款很好的工具。

功能

DNA可视化

查看DNA序列的多个视图

• 地图：自定义，酶位点，引物，ORF，DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式

序列：使用双链模式查看酶位点，具有翻译，引物和DNA颜色。单链模式显示具有彩色的紧凑概览

• 酶：从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行，按名称或频率排序

• 功能：按名称、位置、大小、颜色，方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

• 引物：按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

• 历史：查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。

大序列

浏览染色体大小序列

• 查看：利用SnapGene的数据处理功能，扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

• 搜索：使用的MICA算法即时在染色体内找到序列

• 缩放：使用多功能控件调整缩放系数和显示区域

蛋白质可视化

查看蛋白质序列的多个视图

• 地图：自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

• 系列：使用具有相关功能的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

• 属型：查看蛋白质的分子量，消光系数，等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

• 属性：按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换

• 历史：查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生

直观的序列编辑

编辑DNA和蛋白质序列

• 标准编辑：进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时，会自动传输功能

• DNA结束：编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯

序列颜色编码

将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

• 给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见

属性注释

自动注释常用功能，或手动注释新颖功能

• 自动检测：使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中您选择的功能可以添加到自定义数据库中

• 手动注释：选择DNA或蛋白质序列的一部分，并使用的GenBank兼容空间注释

模拟

SnapGene提供优雅、信息的窗口，用于模拟常见的克隆换个PCR方法

限制性站点指标：确认限制性网站适合克隆

• 属性：以粗体显示的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

• 甲基化敏感性：限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

• 性质：利用工具提示来避免有问题的限制网站

限制性克隆

可视化克隆过程

• 如果您已经准备好了过程，那么模拟需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷，则可以捕获并纠正错误。

聚合酶链反应

模拟标准PCR

• 使用您自己的引物，或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录上存储模板和引物。

重叠延伸PCR

通过重叠延伸PCR融合片段

• 组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向，SnapGene将设计引物。

引物定向诱变

使用诱变隐去进行定点诱变

• 选择诱变引物，然后按按钮以查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

网关^®克隆

模拟网关^®BP克隆或LR克隆，或两者在同一时间

• 为了方便起见，提供了公共的供体向量和目的向量。选择要组装的片段，Snap Gene将设计引物。

Gibson组装

通过融合八个片段或通过将八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种克隆方法。

• 选择要融合的片段及其方向，Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

IN-FUSION^®克隆

通过将八个片段插入载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。融合克隆是创建基因融合的一种通用的方法。

• 选择要融合的片段及其方向，Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反方向PCR产生。

TA和GC克隆

通过TA或GC克隆捕获PCR产物

选择常规TA克隆或高校GC克隆

• 为了方便起见，通过了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。

退火寡核苷酸

将两个寡核苷酸退火以形成双链产物

• 使用的控件添加突出端以进行限制性克隆。

避免错误

使用SnapGene的结构是正确的，并确认已获得的序列。

基因融合阅读框

构造中的翻框架中。

• 链接的翻译

使用“序列”视图可以查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果这样，翻译将链接在同一行上。如果不是，则翻译在单独的行上。

与参考序列比对

使用功能的对齐工具检查实际结构是否与模拟结构匹配。

• 映射概述

查看比对序列与参考序列匹配的地方以及存在差异的概述。

• 序列详细信息

自动记录

SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录，并将原型构造在文件中。

“撤销”功能

撤销几何操作。

尝试SnapGene文件而感到—重复步骤。

历史和原型

查看构造的图形历史记录

单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分，或单击PCR引物名称以查看引物序列。

在历史树中单击原型，以重新生成该原型序列文件，其注释和克隆历史记录。

历史颜色

使用可选的历史记录颜色来标识序列的更改

查看有关组装结构的详细信息，结扎的粘性末端。

拥有您的数据

SnapGene使您可以选择读取和共享文件，同时保持对数据的控制。

安全文件管理

将SnapGene文件保存在的位置。

使用计算机上熟悉的安全操作系统来存储和组织SnapGene文件，

从格式导入

读取常见的文件格式

导入DNA序列，还导入注释。将继续开发进口商，以您不会被锁定的文件格式。

导出为标准格式

将序列，图谱或凝胶图像转换为标准格式。将地图或模拟的穷糖凝胶导出为常见的图像格式。

与SnapGene Viewer共享数据

需将文件和链接发送到SnapGene Viewer。就像的SnapGene界面一样，收件人将能够看到图，序列和注释。

SnapGene 7.0引入了更新的外观和增强的数据管理功能。使用选项卡轻松导航文件和文件夹，并直接从新文件夹面板执行基于序列和元数据的文件搜索。其他增强功能包括新的引物插入注释和各种可用性改进。

选项卡式界面

使用新的选项卡式界面在文档之间导航，或将文档弹出到单独的窗口中以进行比较。

文件和文件夹管理

选择文件系统上的任意文件夹作为项目，并直接在新的可折叠文件夹面板中快速查看子文件夹和文件。执行标准文件运作并快速浏览所有支持的文件类型。

文件搜索

通过灵活、现代的界面，使用名称或类型、包含序列、特征注释等属性在项目中快速查找文件。

入门注释

在更新的添加/编辑引物对话框中可视化添加到引物的插入，例如酶、密码子或短肽序列。感兴趣的区域（Golden Gate限制位点、Gateway克隆attB位点、定向TOPO基序）现在也为自动设计的引物进行了注释。

预览检验到的新序列特征

新的文件窗格现在包含一个序列图，用于预览序列中检验到的特征，并允许您选择要包含在序列中的注释。

开始

使用新的“入门”窗格快速访问近来的文件和文件夹，或通过指向短视频教程、用户指南文章和SnapGene学院的链接了解有关如何使用 SnapGene 的更多信息。

系统操作要求：

Windows

SnapGene 5.1 - 6.0：Windows 7或更高版本（64位仅适用于Intel）。  

SnapGene 6.1 - 7.0：Windows 10或更高版本（64位仅适用于Intel）。  

基于ARM的计算机构建的Windows不支持SnapGene。

macOS

SnapGene 5.2.5或更早版本：macOS 10.12。  

SnapGene 5.3 - 6.0：macOS 10.13或更高版本。  

SnapGene 6.1 - 7.0：macOS 10.14或更高版本。  

基于Apple ARM的计算机原生支持SnapGene 6.1版及更高版本。

Linux

SnapGene 4.0 - 5.2：Ubuntu 16.04、RedHat 6.6和7.2。  

Snapgene 5.3 - 6.0：Ubuntu 18.04、CentOS 7 (1810)或RedHat 7.6。  

SnapGene 6.1 - 7.0：Ubuntu 20.04、CentOS 8 (2105)或RedHat 8.4。  

为基于ARM的计算机构建的Linux 不支持SnapGene。

硬件要求