SimLipid 软件：基于直接进样质谱的高通量数据处理工作流程

SimLipid 提供对基于直接进样方法采集的高通量脂质组学质谱数据的综合分析能力。该程序可直接处理来自 Bruker、Agilent、Shimadzu、Thermo、Sciex 等主要质谱厂商的原始数据文件。高通量脂质搜索可同时使用 MS 和 MS/MS 数据进行。SimLipid 可对质谱图进行脂质及 MS/MS 数据中所鉴定碎片离子的标注，通过高亮显示与产物数据库中理论脂质结构相匹配的实验 m/z 值，辅助解读质谱数据。用户可依据不同的筛选条件生成增强型及多种布局的便携式报告，以导出分析结果。

工作流程关键功能

• 直接导入原始数据：支持直接导入所有主要质谱厂商的原生数据文件。

• 统一工作台视图可视化：可在同一工作台视图中查看原始数据及结果，包括总离子流图（TIC）、质谱图、与每个 MS/MS 谱图对应的已鉴定脂质种类、详细的脂质信息及带标注的 MS 和 MS/MS 谱图。

• MS 与 MS/MS 脂质数据库搜索：可对包含 40,312 种脂质结构和 1,508,293 种结构特异性计算机模拟 MS/MS 特征离子的 SimLipid 数据库进行搜索。

• 批量模式处理：支持对多个实验运行批次进行脂质鉴定，每批次可处理 100,000 次 MS/MS 扫描。

• 多加合物离子种类选择：在进行 MS/MS 扫描数据库搜索时，可通过选择多种加合物离子种类，促进不同类别脂质的准确鉴定。

• 基于类别或亚类的筛选：支持按特定脂质类别或亚类进行筛选。

• 本体论筛选：例如，可筛选具有偶数脂肪酰基的脂质种类，用于人全血样本的脂质谱分析。

• 同分异构脂质区分：基于 MS/MS 谱图中观测到的脂质特异性特征离子，利用邻近评分（proximity score）区分同分异构脂质。

• 报告生成与导出：将结果导出为 CSV、MS Excel 及 HTML 格式文件，便于下游统计分析。