SimLipid 6.06 版本及早期更新日志

版本 6.06 发布

本次更新包含以下增强功能：

• 改进的 Shimadzu（QTOF）原生数据加载：SimLipid 现已适配新数据读取算法，显著提高了对于 Shimadzu QTOF 仪器系列的数据加载能力与分析准确性。

• 支持 Windows 11：SimLipid 现已兼容 Windows 11 系统。

• 修正已报告问题：针对用户反馈的多项缺陷进行了修正。

版本 6.05 发布

本次更新包含以下增强功能：

• 改进的 DDA 数据峰拾取算法：SimLipid 现采用新的峰拾取算法，在加载串联 MS 数据（通过 DDA 方法采集）时，可更准确地指定 MS/MS 扫描的前体 m/z 值。对于每个 MS/MS 谱图的前体 m/z，SimLipid 会从 MS1 数据中识别包含该前体 m/z 的同位素簇，然后分配单同位素峰的 m/z 作为 MS/MS 扫描的前体 m/z，从而实现脂质种类的准确鉴定。

• LC-MS 与（DIA）MS/MS 实验的高通量数据分析工作流程：SimLipid 可处理通过数据非依赖性采集（DIA）方法采集的 LC-MS 和 MS/MS 原始数据，准确发现峰并将产物离子与其前体离子相关联。软件随后基于保留时间、m/z 值、观测强度及电荷态的一致性，对不同峰列表中的峰进行对齐。峰列表或对齐后的峰列表可进一步进行 MS/MS 数据库搜索，以批量模式准确鉴定脂质结构。

• 基于 HRMS 的脂质组学分析：支持自动化的实验设计建模，用于基于高分辨率质谱（HRMS）的脂质组学分析工作流程，包括 MS1 数据的平均化及生物学重复与技术重复之间 m/z 峰的对齐。

• 频数表与图表：SimLipid 现包含直观的图形化展示功能，可基于 LC、MALDI、Shotgun、MS 及 MS/MS 实验运行生成饼图和条形图，便于跨样本的脂质谱比较分析。

• 统计分析：支持将 LC-MS 和 MS/MS 数据库搜索结果导出为 CSV 格式，可直接导入 MetaboAnalyst 或 MetaboScape 软件进行下游统计分析。

• 结果导出：根据评分和匹配 RI 等筛选条件，用户可将仅有脂质 ID 连同保留时间、四极杆位置（分箱）/漂移时间及离子种类信息导出为 MS Excel 或 CSV 格式文件。

• 创建 LC-MS 和 Shotgun-MS 模板（企业版功能）：SimLipid 现支持直接导入来自 Shotgun-MS 和 LC-MS 工作流程的 HTP 报告，以创建自定义数据库，用于 MS/MS 搜索以阐明脂质结构。

• 直接导入 Waters MassLynx UHPLC-MSE .raw 文件：SimLipid 现可直接从 Waters MassLynx UHPLC-MSE .raw 文件中导入原始数据（包括 centroid 和锁质谱校正后的数据）。

版本 6.04 发布

本次更新包含以下增强功能：

• 前体强度校正：现纳入更有效的算法，用于从每个 MS/MS 谱图的前序 MS1 扫描中识别其前体 m/z 值的同位素包络。新的专有算法在将文件加载到 SimLipid 之前，对 Thermo Fisher Scientific 原生 *.raw 和 Shimadzu 原生 *.lcd（Q-TOF）原始数据的前体 m/z 和前体强度进行校正。现支持将校正后的前体强度导出为 .xls 或 .csv 格式文件，以辅助下游分析。

• 支持 Bruker 的 .mgf 文件：Bruker MetaboScape 生成的包含 MS 和 MS/MS 数据及离子种类信息的 *.mgf 文件现可直接导入 SimLipid，支持利用 SimLipid 中的 MS 和 MS/MS 数据库搜索进行脂质谱分析和鉴定。SimLipid 生成的结果可直接导入 MetaboScape 软件进行进一步的统计和通路分析。

• 来自 DIA 实验的高通量数据分析：现支持基于 Agilent Q-TOF 质谱仪的数据非依赖性采集（DIA）的完整高通量工作流程。该工作流程基于对前体质谱进行顺序隔离和碎裂，碎裂中心聚焦于脂质质量缺陷，从而实现高置信度的脂质种类鉴定和相对定量。

• 减少分析时间：文件加载、高通量搜索及已鉴定脂质种类加载所需时间显著减少，助力用户更快完成分析。

• 新增特征离子：甾醇酯及胆固醇及其衍生物在正离子模式 MS/MS 谱图中观测到的新特征离子现纳入数据库，支持通过 MS/MS 数据库搜索准确鉴定这些类别的脂质种类。

• 增强的 LC-MS 工作流程便携报告：可直接导入 MetaboAnalyst 软件进行进一步的下游统计分析。

• 更快的 Thermo Fisher Scientific 原生 .raw 文件加载：利用该公司近期发布的 RawDataReader，加载速度进一步提高。

版本 6.03 发布

本次更新包含以下增强功能：

1. 吞吐量提高：

   • 一键导入多达 2,000,000 次扫描的原始数据或峰列表。

   • 批量模式下可对 100,000 次 MS 或 MS/MS 扫描进行数据库搜索。

   • 将 100,000 次 MS 或 MS/MS 扫描的搜索结果导出为 MS Excel 和 CSV 格式文件进行进一步分析。

   • 基于评分和匹配 RI 筛选结果，以获得高置信度结果。

2. 数据处理速度显著加快：

   • MS 或 MS/MS 扫描数据平均化速度提高为原先的 30 倍。

   • MS/MS 数据库搜索速度提高为原先的 3 倍。

   • MS 数据库搜索速度提高为原先的 12 倍。

   • LC-MS 峰列表 MS/MS 数据库搜索速度提高为原先的 12 倍。（详见性能测试报告）

3. 多种报告布局：

   • 根据用户指定的筛选条件，将每个 MS/MS 扫描的每种鉴定脂质导出到 MS Excel 文件，每种脂质占一行。此布局适用于 DIA 串联 MS 数据分析中同一 MS/MS 谱图可能鉴定出多种脂质的情况。

   • 根据用户指定的筛选条件，将每个 MS/MS 扫描的所有鉴定脂质导出至 MS Excel 文件，每种脂质占一列（标题为 Rank 1, Rank 2, …, Rank n）。此布局适用于 DDA 串联 MS 数据分析中同一 MS/MS 谱图鉴定出多种脂质的可能性较低的情况。

   • 根据用户指定的筛选条件，将每个 MS/MS 扫描的仅有脂质 ID 导出为 MS Excel 或 CSV 格式，可直接导入 SimLipid 数据库或用于下游分析。

4. 基于 MS/MS 和 MS 数据的自动化脂质组学分析工作流程（企业版功能）：

   • 通过 MS/MS 数据库搜索实现高置信度的脂质鉴定。

   • 创建已鉴定脂质的自定义数据库。

   • 处理 MS 数据并建模实验设计，以促进比较和定量分析。

   • 使用经过整理的数据库中的脂质 ID 对 MS 数据中的峰进行注释。

   • 比较生物学样本之间注释脂质及其同位素校正丰度。

版本 6.02 发布

本次升级修正了已报告的问题，并实现了更快的运行性能。

版本 6.01 发布

本次更新包含以下增强功能：

• SimLipid 主数据库现新增 14 种来自“SPLASH™ Lipidomix® Mass Spec Standard”的氘代脂质标准品，便于验证样本中鉴定的脂质，并支持所鉴定脂质种类的后续相对定量。

• 更快的 Waters® UPLC® SONAR™ 和 Waters® UPLC® HDMSE 原始数据加载。

• 利用 SimLipid 进行峰检查和峰拾取时，Waters® UPLC® SONAR™ 和 Waters® UPLC® HDMSE 原始数据处理速度得到提高。

• 匹配离子强度（总和）——即对应于特征碎片离子的产物离子观测强度之和——现可导出为 MS Excel、CSV 及 HTML 等多种报告文件格式。

• 多项可用性增强，例如可直接从原始数据表格视图中执行 MS 和 MS/MS 搜索。

版本 6.00 发布

本次更新包含以下增强功能：

• DIA 数据处理：程序可处理通过数据非依赖性采集（DIA）方法（即 Waters SONAR/HDMSE 方法）采集的原始数据，进行峰检查、峰拾取及产物离子与其前体离子的关联。

• 查看 SONAR/HDMSE 原始与处理数据：程序支持可视化（a）原始数据——总离子流图（TIC）和谱图，（b）处理数据——显示所有检查到的 LC 化合物的峰列表，每个化合物特征包括：检测化合物的提取离子流图（XIC，保留时间轴）、在漂移时间或四极杆位置（分箱轴）上的 XIC，以及前体离子 m/z 与其碎片离子的 XIC 叠加（在漂移时间或四极杆位置轴上）。

• DIA 实验的高通量 MS/MS 数据分析：程序可对超过 20,000 个潜在化合物进行 MS/MS 数据库搜索，以批量模式准确鉴定脂质结构。

• 支持 Waters .raw 文件：SimLipid 现可从 Waters 原生 MassLynx® UPLC® SONAR/HDMSE 文件中直接导入原始数据。

• 多加合物 MS/MS 数据库搜索：程序现支持用户为前体离子选择多个可能的离子种类。该功能不仅可减少因原始数据中加合物离子信号不足而导致的脂质种类错误分配，还能提高鉴定脂质的准确性，并在直接进样 ESI-MS/MS 脂质组学实验中缩短完成数据分析的时间。

• MPIS/NLS 实验覆盖范围增加：用户现可添加脂质类别特定的目标质量，用于前体离子扫描、中性丢失扫描等脂质组学实验。此功能通过将自定义质量集存储在数据库中，支持用户进行覆盖多脂质类别的靶向脂质组学分析。

• 归一化分析物峰强度：以样品中内标为参照，对分析物峰强度进行归一化，并将结果导出为 Agilent 的 CEF 文件或 MS Excel 文件。

• 显示匹配特征离子的总和相对强度（匹配 RI）：对所鉴定脂质的匹配特征离子相对强度进行求和并显示。