SimLipid 软件：基于 LC‑MS 与 LC‑MS/MS 的高通量数据处理工作流程

SimLipid 可处理 LC‑MS 和 MS/MS 数据，执行峰检查、平滑、色谱解卷积、峰去同位素及分子特征查找等任务。该程序将检查到的峰 m/z 值与对应的 MS/MS 谱图进行对齐，从而利用 MS 和 MS/MS 数据中的前体离子与产物离子信息，实现脂质结构的无缝鉴定。SimLipid 还支持对不同生物学样本中鉴定出的脂质进行比较和定量分析。基于保留时间、m/z 值、观测强度及电荷态的一致性，程序采用 RANSAC 技术对不同峰列表中检查到的峰进行对齐。一次可对齐多达 200 个峰列表，结果可导出为 HTML、CSV 和 MS Excel 格式。

工作流程关键功能

• 直接导入原始数据：支持直接导入所有主要质谱厂商的原生数据文件。

• 自动峰检查与峰拾取：通过读取 MS1 谱图数据，自动完成峰检查与峰拾取，为 MS/MS 扫描分配准确的前体 m/z 值。

• 脂质混合物的同位素峰校正：对脂质混合物的同位素峰进行校正处理。

• 统一工作台视图可视化：可在同一工作台视图中查看原始数据、处理数据及结果，包括总离子流图（TIC）、提取离子流图（XIC）、质谱图、与每个 MS/MS 谱图或 LC 分子特征对应的已鉴定脂质种类，以及带标注的 MS 和 MS/MS 谱图。

• 支持靶向与非靶向 LC‑MS 脂质组学工作流程：兼容两种常见分析策略。

• 高通量数据库搜索：每批次可对 100,000 次扫描进行数据库搜索。

• 跨生物学分组的比较脂质组学分析：支持在不同生物学分组间进行脂质组学比较。

• 导出便携式报告：将结果导出为 CSV、MS Excel 及 HTML 格式文件，便于下游分析。

• LC‑MS 工作流程专用报告：生成的报告可直接导入 MetaboAnalyst 软件进行进一步的统计分析和下游处理。