DNA Sequence Assembler - 生物信息学软件

DNA Sequence Assembler是一款易于使用的生物信息学软件，用于自动DNA序列组装、DNA序列分析、重叠群编辑、文件格式转换和突变检测。

DNA Sequence Assembler是可以自动化组装过程的工具：

• 自动检测和修剪样品的低质量区域

• 自动修剪载体/引物序列

• 自动纠正重叠群中的歧义

• 自动将contig保存到磁盘

使用DNA Sequence Assembler，您只需5秒即可从未组装的样本（具有不可信末端和向量的“dirty"样品）到结尾输出数据（重叠群、清理并保存到磁盘）。

使用DNA Sequence Assembler，您还可以：

• 将多个DNA样本组装或比对到参考序列

• 按名称批量组装或对齐序列组（它将自动识别序列对）

• 浏览文件夹时预览FASTA序列和色谱图

• 查看、分析和编辑ABI、SCF、FASTA、SEQ、TXT、GBK序列

• 用颜色标记特定的色谱图区域（如差异、低质量区域）并快速导航到这些区域

• 在不同的文件格式（ABI、SCF、SEQ、FASTA、multi-FASTA、GBK...)之间进行转换或批量转换

• 检测双峰突变

• 检测两个（或多个）色谱图之间的突变

• 使用嵌入式碱基调用程度重新调用未确定(N)碱基

• 重新评估基础质量(QV)

• 使用同步的色谱图/组装网格/重叠群图轻松概览您的项目

   

DNA Baser Sequence Assembler的主要的特点是它自动化了DNA序列组织过程。只需将程序指向您的样本所在的文件夹，程序就会为您完成全部步骤。

一些核心功能是：

• 色谱图坏端的自动清理

• 自动识别序列（载体、引物）清理

• 自动更正contig中的模糊碱基。您将永远不必编辑您的重叠群

• 自动将contig、日志和项目数据保存到磁盘

• 自动引物检测和载体去除

• 自动批量组装。可以一次组装数千个重叠群

• 组装参考

• 色谱图和重叠群之间的同步显示，这使得迷糊碱基的校正更快更方便

• 歧义/不匹配之间的快速导航。只需单击一下即可跳转到下一个不匹配项

• 集成碱基检出器

• 色谱图查看器和编辑器（ABI和SCF）

• 项目图

• 准确度

• 将项目（输入序列、重叠群、用户编辑等）保存到磁盘以供以后检查/编辑。您可以稍后将其他样本添加到您的conting

• 记住用户所做的基本编辑

嵌入式生物学工具

• 批量序列处理（批量结束修剪、向量去除、元数据集成、FASTA转换...）

• 批量元数据集成工具（只限RNA Baser）

• 克隆库取消复制器

• 全部转换为multi-FASTA转换器

• 全部转换为FASTA转换器

• GenBank到FASTA转换器

• 反向补充

• 一键转换多种文件格式

【英文介绍】

DNA Sequence Assembler is revolutionary bioinformatics software for automayic DNA sequence assembly, DNA sequence analysis, contig editing, file format conversion and mutation detection.

DNA Sequence Assembler is the only tool that fully automated the assembly process:

• Automatically detect and trim low quality regions of your samples

• Automatically trim vector/primer sequences

• Automatically correct the ambiguities in your contig

• Automatically save the contig to disk

With DNA Sequence Assembler you need ONLY 5 (five) seconds to go from unassembled samples ("dirty" samples with untrusted ends and vectors) to the final output data (the contig, cleaned and saved to disk).

With DNA Sequence Assembler you can also:

• Assemble or align multiple DNA samples to a reference sequenceBatch assemble or align groups of sequences by name (it will automatically recognize sequence pairs)

• Preview FASTA sequences and chromatograms as you navigate through your folders

• View, analyze and edit ABI, SCF, FASTA, SEQ, TXT, GBK sequences

• Mark specific chromatogram regions (like discrepancies, low-quality areas) with colors & quickly navigate to these regions

• Convert or batch-convert between different file formats (ABI, SCF, SEQ, FASTA, multi-FASTA, GBK...)

• Detect double peak mutations

• Detect mutations between two (or more) chromatograms

• Use the embedded base caller to re-call undetermined (N) bases

• Reassess the base quality (QV)

• Easily overview your project using the synchronized chromatogram/assembly grid/contig map