导入序列与位点
输入多条目标序列，也可从 NCBI Entrez 和 dbSNP 获取序列及变异信息，用于多重扩增或基因分型设计。
PrimerPlex - 多重PCR引物设计软件
支持Luminex xMAP平台，高效设计多重PCR与ASPE检测方案
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多重扩增与基因分型寡核苷酸设计
PrimerPlex 多重 PCR 引物设计软件
面向多重 PCR、高通量 SNP 基因分型以及 NGS 测序前靶向富集，将序列与变异位点输入、设计条件设置、候选寡核苷酸生成、多重兼容性检查和候选集合比较组织在同一设计流程中。
当前版本PrimerPlex 2.76
设计规模面向超过 100 条序列的多重引物设计
主要任务多重 PCR · SNP 分型 · NGS 靶向富集
从目标序列与变异位点到可比较的候选集合
多重反应需要同时考虑不同引物之间的相互作用、Tm 匹配、扩增产物区分以及非目标同源序列。软件通过分步设置和候选集合筛选，将这些因素纳入同一设计过程。
定义设计范围
按 3′端、5′端、距序列端指定距离或序列内任意位置设置引物区域，并结合扩增产物大小等条件限定候选范围。
生成并筛选候选
生成多重引物或探针候选，比较 Tm，并检查同一集合内可能的交叉反应、二聚体及重复序列等问题。
比较集合与复核
查看可排序的备选集合、寡核苷酸属性和二级结构，并可结合多序列 BLAST 结果检查已识别的同源性。
围绕多重 PCR、SNP 分型与测序前富集开展设计
多重 PCR 引物集合
在统一反应条件下为多条序列设计引物集合，筛查集合内引物的交叉反应并减少 Tm 差异；还可设置不同引物对之间的最小产物大小差异，用于区分凝胶条带。
SNP 与多态性检测设计
可围绕 SNP、DIP 和 MNP 设计侧翼引物，并为基因分型实验设计 3′端位点特异性 ASPE 引物及位点位于捕获区域的探针。
NGS 测序前靶向富集
为下一代测序前的样品制备与目标富集设计多重寡核苷酸，也可围绕 SNP、DIP 和 MNP 等变异类型组织相关设计任务。
多序列同源性检查
可对多个序列运行 BLAST 搜索，并在设计过程中参考搜索结果，避开已识别的同源区域；在线搜索依赖网络及相应数据库服务。
已有寡核苷酸评估
可将已有引物或探针纳入多重集合，分析其属性并提示偏差；对于缺少寡核苷酸的序列，可继续设计候选并检查集合兼容性。
MagPlex 与 MicroPlex 标签
支持为 ASPE 引物选择 MagPlex TAG 或 MicroPlex xTAG，并检查标签的唯一性及其与所连接寡核苷酸的兼容情况；用户也可覆盖推荐选择。
在同一界面查看设计条件与候选结果
界面将序列记录、设计参数和结果列表集中呈现，便于逐条检查候选引物、扩增产物及相关属性。
适用于多种多重扩增与分型任务
可根据实验目标选择多重扩增、位点分型或测序前富集设计，并结合检测方式设置扩增产物和寡核苷酸条件。
部署前关注运行环境与在线服务条件
软件与运行环境
当前产品资料列出的版本为 2.76，运行于 Windows 桌面环境。由于公开系统要求中包含较早的操作系统信息，采购或升级前应结合计划使用的操作系统确认兼容性。
BLAST 与数据访问
从 NCBI 获取序列、变异信息或执行在线 BLAST 搜索时，需要可用的网络连接及相应服务。数据库内容和在线服务状态由其提供方维护。
按扩增与检测类型选择设计工具
PrimerPlex 主要处理多重 PCR、SNP 分型与相关寡核苷酸集合设计；其他实验类型可按任务选择对应设计工具。
常规 PCR 引物设计
Primer Premier 面向常规 PCR 引物设计、引物分析与序列相关操作。
实时荧光定量 PCR
Beacon Designer 面向 SYBR Green、TaqMan、分子信标、FRET 和 HRMA 等实时荧光定量 PCR 设计。
物种与菌株鉴定检测
AlleleID 面向物种、分类群或菌株鉴定相关的实时荧光定量 PCR、微阵列及 xMAP 检测设计。
环介导等温扩增
LAMP Designer 用于设计识别目标序列六个区域的 LAMP 引物集合。
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