CONFLEX - 构象搜索和分析工具
用于分子构象空间搜索、结构分析、晶体计算与谱图研究
CONFLEX 提供自动化构象搜索与分析功能，可用于药物研究和化学工程中的分子结构研究。软件面向柔性分子的构象空间进行搜索，不局限于由用户初始结构决定的局部优化结果。
其功能覆盖构象搜索、简正振动分析、晶体结构计算、晶体表面分析、溶剂效应、动态反应坐标、宿主-配体配位搜索、光谱模拟、NMR 耦合常数分析、参数配置和氨基酸替换等方向。
构象搜索与结构计算
构象空间搜索
自动识别分子中的环和侧链结构，并通过 Corner Flap、Edge Flip 和 Stepwise Rotation 三种局部扰动方法生成新构象；生成结构经几何优化后存入数据库。
搜索范围控制
采用 reservoir 算法从稳定结构持续生成新结构，并结合搜索范围限制控制高柔性分子的构象数量，用于寻找全局能量极小结构。
简正振动分析
几何优化完成后可自动执行简正模式分析，并计算吉布斯自由能等热力学量；几何优化时可设置部分约束。
晶体结构计算与搜索
可根据分子结构和指定空间群的对称操作生成晶体结构，执行结构优化和低能量结构搜索，并按晶体能量或模拟粉末 X 射线衍射数据排序。
晶体表面分析
可计算指定晶面内部或表面分子的原子间相互作用能总和，用于评估晶面稳定性，并辅助研究溶解、升华和熔化等固态现象。
溶剂效应
GB/SA 计算可用于几何优化、振动分析和构象搜索，并可自动计算 logP 值。
晶体表面能量表达式与晶体表面模型
分子动力学、配位与谱学分析
动态反应坐标（DRC）
使用由简正振动模式计算得到的初始速度矢量开展分子动力学计算，可用于多分子之间的构型变化以及大分子的构象变化研究。
宿主-配体配位搜索
用于确定复合物或分子簇中能量稳定的构型。
CD、UV 与可见光谱
可基于构象异构体模拟 CD、UV 和可见光谱。
NMR 耦合常数分析
支持使用 Karplus-Imai 方程计算 Csp3-Csp3 键周围的 3JHH，也可使用带用户自定义参数的 Karplus 方程计算任意四原子组合的 3J。
NMR 构象结果比较
软件可计算构象搜索所得各构象的 3J 值及其热力学平均值。通过比较计算值与实测值，可辅助判断 NMR 分析中观测到的分子状态，并用于立体效应、物性、反应性和三维结构分析。
参数配置与氨基酸替换
用户可为缺少力场参数的分子自定义参数或修改现有参数；用户自定义参数仅适用于 MMFF94s 参数集。软件还可在结构优化或其他计算前替换、补充 PDB 文件中缺失的氨基酸侧链，并提供侧链和主链缺失数据提示。
CONFLEX Interface 图形界面
CONFLEX Interface 是与 CONFLEX 配套使用的图形用户界面，可协助创建 CONFLEX 输入文件并分析输出文件。用户可打开分子文件和计算结果文件，显示结构与谱图，观察原子间距离、角度等信息，并利用量子力学计算数据显示分子表面和轨道。
分子编辑与三维显示
可按原子距离自动生成键，修改形式电荷和键级；支持线型、球棍和 CPK 显示，通过鼠标进行三维旋转、平移和缩放，并显示元素及原子编号标签。
动画与结果显示
支持简正模式和 DRC 轨迹序列动画，可显示构象搜索结果、简正模式矢量、IR、NMR、CD、UV-Vis 谱图、分子轨道、电荷密度等值面及晶体结构。
计算设置与任务提交
可通过设置对话框创建输入文件，配置构象搜索 SEL、溶剂效应参数和晶体计算空间群，保存设置模板，并向本地或网络中的 CONFLEX、Gaussian 计算程序提交任务。
外部程序与作业管理
可配合 Gaussian 等外部计算程序，并支持 PBS、Grid Engine 和 Platform LSF 作业管理系统。
支持的文件与数据来源
- MDL Mol：.mol、.sdf
- CONFLEX：.bso、.nmr
- 多结构：.sdf、.mol2
- SYBYL Mol2：.mol2
- PDB：.pdb
- 晶体结构：.cif、.cmf
- Gaussian FChk：.fchk
- ChemDraw 剪切粘贴
Grahamimycin LUMO 轨道显示
晶体优化计算设置对话框
CONFLEX Interface 多视图结果显示
CONFLEX 与 Gaussian 协同计算
与 Gaussian 和 GaussView 配合
当计算机同时安装 CONFLEX 和 Gaussian 时，CONFLEX 可调用 Gaussian 执行几何优化和构象搜索，用于处理缺少力场参数或经典分子力场难以描述的电子态体系。
你提供的示例以丁基氯化镁格氏试剂为对象，使用 Gaussian 的 B3LYP 方法和 6-31G(d) 基组完成搜索与优化，并获得 5 个构象。CONFLEX 生成的构象文件可由 GaussView 读取，再将各构象转换为 Gaussian 输入文件，用于偶极矩、NMR 化学位移和激发能等计算。
功能补充
原位取向搜索
可依据输入结构中的分子排列，在含有多个分子的体系中搜索指定分子的稳定取向。该功能适用于 Basic 与 Pro。
PDB 输出扩展
以 PDB 文件进行结构优化或构象搜索时，输出 PDB 文件可包含能量值；少于 1000 个原子时还可生成 mol 和 sdf 文件，达到或超过 1000 个原子时可生成 mol2 文件。该功能适用于 Basic 与 Pro。
氨基酸残基名称识别
读取 PDB 文件时可识别 HIE、HID、HIP、ASH、GLH 和 LYN 等残基名称。
晶体计算扩展
晶体计算支持使用四元数控制分子取向，并使用应变张量处理晶格变形；同时支持应力张量计算。
运行环境
| Windows | Windows 10、11，64 位。 |
|---|---|
| macOS | macOS 13、14、15，Apple Silicon。 |
| Linux | Red Hat Enterprise Linux 8.6、8.8、8.10、9.2、9.4；Ubuntu 22.04。 |
| 图形环境 | OpenGL 3.3 或更高版本。 |
服务支持
可提供正版授权采购、授权代理服务、软件报价咨询、项目部署建议、授权续费和售后技术支持服务。
采购说明
产品价格会因购买数量、版本类型、用户类型、授权方式、所选规格及活动情况等因素发生变化。如需报价，请以双方确认的实际成交价格为准。
- 2026-09-10
- 2026-09-10
- 2026-09-08
- 2026-09-08
- 2026-09-07
- 2026-09-03
- 2026-09-09
- 2026-09-06
- 2026-09-05
- 2026-09-04
- 2026-09-01
- 2026-08-28
