SnapGene 9.0.0 发布：新增引物数据库与 CRISPR 向导 RNA 设计

SnapGene 9.0 引入了多项新功能，包括引物数据库，可将引物保存在一个集中位置，并在不同序列文件中重复使用。CRISPR 向导 RNA 设计功能支持直接在 SnapGene 中对 CRISPR 向导 RNA 进行可视化和评分。改进后的搜索功能使查找更加便捷，结果显示更加清晰。数据视图也进行了多项改进，左右分屏和图谱旋转为序列视图提供了更大的灵活性。

引物数据库

将 DNA 文件中的引物序列保存到 SnapGene 的集中式引物数据库中，或从电子表格中导入引物。利用标签可轻松对引物进行分组并管理数据库。这些引物随后可用于标注其他序列文件，从而在同一位置管理各个文件中的引物序列。

CRISPR 向导 RNA 设计

使用多种 PAM 序列，直接在 SnapGene 中查找和可视化 CRISPR 向导 RNA，结果以便于查看的表格呈现。通过安全云服务器上的多种经过同行评议的算法，对设计的 CRISPR 向导 RNA 进行效率和特异性评分。特异性评分提供多种常见基因组供选择，作为评分的比对对象。

搜索改进

改进后的搜索功能使跨项目文件夹和引物数据库的搜索及结果识别更加便捷。结果按命中类型组织，并清楚显示结果所在的位置。

更灵活的数据控制

各类数据视图的增强提供了更多序列视图自定义选项。分屏功能现已同时支持左右布局和上下布局，图谱视图也支持旋转序列。选择多个文件时，可在图谱视图中查看多条序列，清晰了解文件概况。多序列文件导入功能的改进，使序列文件管理及转换为 SnapGene 格式更加便捷。

详细更新

引物数据库

• 引入引物数据库，用于在 SnapGene 中管理引物。
• 新增用于组织引物的标签。
• 新增使用引物数据库中的引物标注序列的功能。
• 支持将 .csv 文件或 SnapGene .dna 文件中的引物导入引物数据库。
• 支持以原生数据库格式或 .csv 格式导出引物数据库。

CRISPR 向导 RNA 设计

• 新增 CRISPR 向导 RNA 设计支持。
• 支持在长度小于 5,000 bp 的序列上查找 CRISPR 向导 RNA。
• 支持使用多种经过同行评议的评分算法，对 CRISPR 向导 RNA 进行评分。
• 支持导入 CRISPOR Excel 表格。
• 支持从 SnapGene 以 TSV 格式导出 CRISPR 向导 RNA。

导入改进

• 改进多序列文件的导入。
  • 为多序列文件引入新的通用导入对话框。
  • 统一多序列文件的导入行为。
  • 修正多序列文件滞留在“其他打开的文件”（Other Open Files）中而没有对应标签页的问题。
• 改进 UniProt 导入。
  • 全面集成从 UniProtKB 导入的功能。
  • 对于已从 UniProtKB 移除的序列，改为从 UniParc 下载。
  • 修正 UniProt 导入失败时显示误导性错误信息的多个问题。
• 修正使用 WGS 登录号导入时的问题。
  • 重叠群组装不再替换当前打开的项目文件夹。
• 改进小尺寸显示器上的窗口大小调整。

界面现代化

• 支持左右分屏视图。
• 改进项目搜索及结果显示。
• 引入多文件图谱视图。
• 更新偏好设置对话框。
• 更新引物表格和特征表格。
• 更新并增强聚焦（缩放）视图。
• 支持在图谱视图中旋转环状序列。
• 鼠标悬停时显示标签页预览浮层。
• 为鼠标悬停触发的项目侧面板行为增加延迟。
• 搜索结果和元数据现在会随字体大小设置变化。

序列注释与特征

• 新增将 GenBank primer_bind 特征转换为 SnapGene 引物的工具。
• 新增偏好设置，可选择是否根据背景颜色调整特征颜色。
• 特征标签现在可包含长度和特征类型。
• 为 Luma 用户新增对 CDS 特征中 /subtype 限定符的支持。

其他更新

• 支持机器访问令牌（Machine Access Token）。
• 在菌株数据库中新增 VectorBuilder 菌株。
• 新增 Gold Biotechnology ReadyLadder 分子量标准。
• 新增 NEB Supercoiled Extend DNA Ladder 分子量标准。
• 在分子量标准中新增 miniPCRBio 梯度标准。
• 在分子量标准中新增 Invitrogen 100bp ladder。
• 将 ViennaRNA 升级至 2.7.2。
• 将 OpenSSL 更新至 3.5.9。
• 将 xz_utils 更新至 5.8.3。
• 将 libcurl 更新至 8.23。
• 更新 Linux 打包脚本，使用 HTTPS 链接。

问题修正

崩溃与稳定性

• 修正 Windows 上相关文档已关闭后，再关闭“编辑 DNA 末端”（Edit DNA Ends）对话框时发生崩溃的问题。
• 修正在“寡核苷酸退火”（Anneal Oligos）对话框中撤销更改时发生崩溃的问题。
• 修正以仅大小写不同的文件名保存文件副本时发生崩溃或无响应的问题。
• 修正复制 DNA 比对中选中的碱基时发生崩溃的问题。
• 修正在 Finder 中重命名已打开的凝胶文件时发生崩溃的问题。
• 修正未打开项目时新建 DNA 或 RNA 文件发生崩溃的问题。
• 修正点击对应控件已关闭的菜单项时发生崩溃的问题。
• 修正 Windows 上退出程序时发生崩溃的问题。
• 修正关闭序列查看器时发生崩溃的问题。
• 修正启动时加载缓存标签页发生崩溃的问题。
• 修正使用“沉默突变”（Silent Mutation）工具在已显示翻译的序列中添加或移除酶识别位点时可能发生崩溃的问题。
• 修正 Linux 上取消激活对话框时发生崩溃的问题。
• 修正后台线程过早关闭导致崩溃的问题。
• 修正内容面板关闭后仍被访问时发生崩溃的问题。
• 修正 macOS 上绘制比对视图中的特征时发生崩溃的问题。
• 修正 macOS 上程序关闭过程中可能发生崩溃的问题。
• 修正在克隆对话框中编辑引物名称时发生无响应和崩溃的问题。
• 修正最近使用的文档位于已断开连接的云同步文件夹中时，启动无响应的问题。
• 修正 SnapGene Viewer 显示 RNA/单链 DNA 结构时无响应的问题；现在改为提示用户购买付费许可证。
• 修正移除重复引用文献时可能出现无限循环的问题。
• 修正翻译序列区间时发生崩溃的问题。

克隆与组装

• 修正 Golden Gate 克隆中载体/片段单选按钮字体大小不一致的问题。
• 修正在环状模板上使用有效且相互重叠的引物时，PCR 偶尔失败的问题。
• 修正存在已有引物时 Gateway 克隆偶尔失败的问题。
• 修正使用 NEBuilder HiFi DNA Assembly 环化后特征偏移 1 bp 的问题。
• 修正 Gibson Assembly 中替换区域跨越序列起点时载体特征丢失的问题。
• 改进 Golden Gate 引物设计因突出端不足而失败时显示的错误信息。
• 修正 Golden Gate 组装中特征可能在 IIS 型突出端的 3′ 端被错误截断的问题。
• 修正 macOS Golden Gate 用户无法看到复选框的问题。
• 修正 macOS Golden Gate 用户无法访问某些下拉菜单的问题。

序列比对

• 修正 SnapGene Viewer 中无法在双序列比对中标注特征的问题。
• 修正对重复序列较多的序列执行“与参考序列比对”（Align to Reference）时，参考序列中错误显示额外一个核苷酸的问题。
• 修正在特征的翻译序列中选择氨基酸时出现闪烁的问题。
• 修正显示特征时无法在双序列比对中选择序列行的问题。

翻译与 CDS

• 修正从包含 CDS 特征的选区创建 RNA 或 DNA 文件时翻译不正确的问题。
• 修正 ORF 跨越序列起点时，“显示翻译”（Show Translations）呈现错误翻译的问题。
• 修正跨越序列起点的翻译片段中，编辑首个密码子后“将首个密码子翻译为甲硫氨酸”（Translate the first codon as Methionine）设置未重置的问题。

文件导入与导出

• 修正 RNA 序列导出为纯文本时被导出为 DNA，即使用胸腺嘧啶而非尿嘧啶的问题。
• 修正查看 FASTQ 文件时，按住 Opt/Alt 键并悬停的行为不正确的问题。
• 修正 Sanger 转 FASTQ 导出时序列行和质量行错误换行的问题。
• 修正导入 FASTA 文件时序列命名不一致及不正确的问题。
• 修正 FASTA 归档中的 RNA 序列始终被作为 DNA 导入的问题。
• 修正 macOS 上在导出对话框中切换格式后文件扩展名未更新的问题。
• 修正导入 Geneious 文档时链类型不正确的问题。
• 修正“导入自定义特征”（Import Custom Features）无法导入特征的问题。
• 为 GenBank 导入增加进度条和取消功能，解决导入缓慢且看似无响应的问题。
• 修正 GenBank 文件中的区间类型限定符未被正确处理的问题。
• 修正导出为 GenBank 格式时，特征名称有时被截断并添加为 /label 限定符的问题。
• 现在可正确读取和导出 GenBank /anticodon 限定符。
• 修正从 GenPept 或 UniProt 文件导入的蛋白质序列中，为 CDS 特征错误生成 /translation 限定符的问题。
• 修正从 NCBI 导入 RefSeq WGS 基因组时缺少注释的问题。
• 修正无法使用 NCBI 较新的六字母登录号格式下载 WGS 序列的问题。
• 修正部分 WGS 序列因序列数量限制而下载失败的问题。
• 修正 WGS 序列下载到错误位置的问题。
• 修正多个 WGS 登录号无法下载的问题。

图谱视图

• 修正图谱视图显示过多引物结合位点的问题。
• 修正插入克隆过程中翻转载体时，特征注释未正确镜像翻转的问题。
• 修正反向互补链上的 ORF 未出现在图谱视图中的问题。
• 修正显示化学键时，图谱视图中的特征名称标签与蛋白质特征重叠的问题。
• 修正部分对话框中“显示特征”（Show Features）工具提示位置错误的问题。
• 修正保存通过“生成蛋白质”（Make Protein）创建的蛋白质文件后，图谱标签页为空白的问题。

项目与窗口

• 修正项目窗口标题未正确反映未保存更改的问题。
• 修正 Windows 上将包含 SnapGene 文件的文件夹拖入项目时没有反应的问题。
• 修正文件夹名称包含日文字符时项目侧边栏不刷新的问题。
• 修正下载文件有时未自动出现在项目文件夹中的问题。
• 修正在项目侧边栏中双击后有时选中错误文件的问题。
• 修正撤销全部更改后标签页仍显示已修改状态的问题。
• 修正点击项目侧边栏中未保存的凝胶时，有时打开临时文件的问题。
• 修正 Linux 上有时无法检测项目子文件夹中文件变化的问题。
• 修正点击项目侧边栏中未保存的凝胶时，有时打开错误文件的问题。
• 修正新建文件可能不显示未保存更改标记的问题。
• 现在点击 macOS Dock 菜单中的文件条目时，可正确激活项目窗口中对应的标签页。
• 拖动项目窗口标签页时，屏幕中央不再闪烁预览图像。
• 现在可从 macOS Dock 正确恢复多个文件。
• 修正部分文件滞留在“其他打开的文件”（Other Open Files）中的问题。
• 修正关闭项目文件夹后搜索标签页未关闭的问题。
• 修正 macOS Golden Gate 上无法拖动窗口的问题。
• 修正打开信息面板后调整窗口大小时出现的问题。
• 修正打开项目时项目面板未展开的问题。

表格与数据显示

• 修正最近使用的文档包含大型序列时凝胶加载缓慢的问题。
• 修正选择单个残基时，氨基酸组成表中的百分比数值显示不全的问题。
• 修正 Windows 启用显示缩放时表头显示不全的问题。
• 修正在表格中使用触控板滚动时突然停止的问题。
• 修正部分显示选项在其他相关设置未选中、因而不会产生效果时仍可选择的问题。
• 展开的片段视图现在可正确显示线性序列的末端片段。
• 调整二级结构视图中统计信息的背景颜色。

深色模式

• 修正深色模式下面板分隔条过亮、干扰视线的问题。
• 修正深色模式下“搜索提示”（Search Tips）对话框中出现多余字符和文字难以辨认的问题。
• 修正深色模式下“符号与缩写”（Symbols and Abbreviations）对话框中符号颜色不正确的问题。
• 改善深色模式下未保存更改警告图标的对比度。
• 修正深色模式下标签页轮廓线连接处外观异常的问题。

工具提示与界面细节

• 修正多显示器环境下工具提示在错误屏幕上闪烁的问题。
• 修正紧凑视图中将选区扩展一个碱基时工具提示闪烁的问题。
• 修正鼠标悬停在项目面板分隔条上时错误显示碱基编号提示的问题。
• 修正工具栏中的长文件名未使用省略号截短的问题。
• 修正启动时高 DPI 显示器上出现模糊、低分辨率图形的问题。
• 更新查看器标签页的悬停边框颜色，使其与设计系统一致。
• 更新非活动标签页的边框颜色，使其与设计系统一致。
• 修正切换控件容器的投影被截断的问题。
• 修正“新建 DNA 文件”（New DNA File）文本字段出现多余边框的问题。
• 修正通用翻译中匹配密码子延迟显示为粗体的问题。
• 修正导出凝胶片段列表时，包含句点的文件名被截断的问题。
• 修正 pH 下拉菜单中高于 10% 的蛋白质电荷值显示不全的问题。
• 修正 SnapGene Viewer 用户导出图像时水印渲染的多个问题，包括水印拉伸、缺失和未启用。
• 修正 macOS 上工具栏按钮过大的问题。

序列编辑与对话框

• 修正粘贴特征后，“新建序列”（New Sequence）对话框中输入异常及复选框不正确的问题。
• 修正“选择替代密码子”（Choose Alternative Codons）中的“替换密码子”（Replace Codons）下拉菜单错误地保持隐藏的问题。
• 修正 Windows 上通过右键菜单粘贴时，有时重复粘贴文本的问题。
• 修正将 RNA 粘贴到“新建 DNA 文件”对话框时，有时未切换到 RNA 模式的问题。
• 修正“二级结构设置”（Secondary Structure Settings）中的温度字段未自动选中其内容的问题。
• 修正在“寡核苷酸退火”（Anneal Oligos）和“诱变”（Mutagenesis）对话框中，通过“编辑”菜单执行撤销不起作用的问题。
• 修正“诱变”对话框中标签位置错误的问题。
• 修正信息面板将天然序列错误标注为“实验室宿主”（Laboratory Host）而非“来源”（Source）的问题。

资源数据库

• 修正示例项目中“CRISPR Plasmids”文件夹名称的拼写错误。

许可授权

• 修正 macOS Golden Gate 上使用某些许可证的用户可能错误看到激活对话框的问题。