FlowJo - 流式数据处理软件
FlowJo™ - 流式数据处理软件
FlowJo 是用于单细胞流式细胞术数据处理与分析的软件,支持读取不同厂商流式细胞仪生成的标准 FCS 数据文件。通过拖放操作、样本分组、细胞群体设门、质量控制和统计图表工具,可完成从数据整理、群体分析到报告输出的工作流程。
样本导入与分层分组
可通过拖放文件或添加样本功能导入数据,并使用组整理相关样本。分组采用层级结构,可根据样本纳入条件筛选下级组中的样本,并将上级组的门传递至下级组。
可先在包含相关样本的组中应用通用设门策略,再在子组中添加更具体的门,减少重复绘制。设置样本纳入条件后,可按条件自动将样本归入相应组。
图形显示、坐标变换与设门
主图与图形画廊
主图用于显示和设门,下方图形画廊可展示组内其他样本、当前样本的不同参数组合,或当前群体的上级群体路径,便于在多个视图间查看数据。
坐标尺度与参数选择
可选择线性、对数、双指数或 ArcTanh 坐标尺度,调整显示范围与数据在坐标轴上的展开方式。参数选择和变换属性面板提供相应的显示控制。
细胞群体与设门层级
使用矩形、多边形、椭圆等设门工具,依据标志物表达划分目标细胞群体,并在群体层级中组织分析结果。可拖放单个门或完整设门层级,将分析策略应用于其他样本或组。
组内门的应用与同步
可将门复制并应用到组,或使用应用并重新同步功能替换组内已修改的门。群体层级会标示在样本上经过编辑的门,便于识别分析中的调整。
内置质量控制
质量控制工具可检查实验数据中的流速一致性、信号稳定性,并排除超出动态范围的事件。可在属性面板中调整检查灵敏度,应用后查看各样本的质量控制图形。
检查完成后,软件自动创建 Good Events 和 Bad Events 群体,可选择 Good Events 继续后续分析。
高维数据降维与聚类
UMAP 降维
使用 UMAP 将高维数据表示在低维图中,辅助观察多参数流式数据的整体分布,并为后续的群体探索提供可视化视图。
FlowSOM 聚类
FlowSOM 先通过自组织映射将数据表示为一系列节点,再对节点进行聚类,用于探索多参数数据中的细胞群体。
Cluster Explorer 聚类结果探索
Cluster Explorer 通过多种联动图形查看聚类结果,可将算法生成的群体与手工设门群体一起比较:
- 二维彩色叠加图:显示所选父群体的各子群体;存在降维参数时可自动选用,也可自行更换显示参数。
- 群体大小柱状图:比较不同群体的大小。
- 表达中位数折线图:展示各群体在所选参数上的表达中位数,辅助比较不同群体的表达特征。
- 表达强度热图:展示各群体所选参数的中位数强度;选择热图中的一行,可在其他图中同步高亮对应群体。
统计表格与比较图表
按样本与群体生成统计表
将样本或组拖入表格可添加行,将群体拖入表格可添加列。通过属性面板选择统计量或关键词,组织需要汇总的数据,并可自定义列名和进行排序。
分类展示与统计比较
以已创建的表格为数据源,生成柱状图或饼图,按类别比较数据。可通过表格中的关键词定义样本类别,选择分类因素与统计因素,并在比较面板中为图表添加统计检验。
图形报告与批量输出
报告画布可组合图形、叠加图、设门策略、图表和表格。可调整图形视图、字体与图例,并将一组群体叠加到同一图中进行比较。
直方图叠加控制
报告中的直方图叠加支持单位面积、众数及手动归一化方式,并可调整各直方图之间的偏移和颜色不透明度,以便比较分布。
批量报告与结果联动
可按组和样本纳入条件,将设计好的报告布局应用到其他样本。报告随门或群体选择的变化更新,也可将批量视图另存为新报告,保留该视图。
可保存分析或另存为新的工作区,并将报告导出为 PDF,用于研究交流与结果归档。
光谱解混与图像分析
光谱解混设置
提供自发荧光提取工作流程,以及百分比或比值形式的归一化设置,用于相应的光谱解混分析。
图像筛选与图像集
对于 BD FACSDiscover 平台的图像数据,可在 Image Wall 中查看图像,并手动选择图像组成 Image Sets。选入图像的细胞会自动加入新的群体;图像分析还支持保存多组筛选设置并应用于样本。
运行平台与采购咨询
FlowJo 支持 Windows 和 macOS。可结合数据规模、分析任务及图像数据处理需求,确认操作系统与硬件配置。
可咨询 FlowJo 正版授权采购、软件报价和配置选型,并根据使用平台、分析任务与人员需求确认采购方案。具体授权范围、交付内容与技术支持按采购约定执行。
仅供科研使用,不用于诊断或治疗程序。
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