CodonCode Aligner - 生物序列分析工具

Primer Premier 是面向标准 PCR、复用 PCR 和 SNP 基因分型实验的引物设计与分析软件，支持序列获取、同源性与模板结构检查、预设计引物评估、手动搜索、序列视图、报告输出及项目数据管理。

DNA Sequence Assembler 可用于 automatic DNA sequence assembly、DNA sequence analysis、contig editing、file format conversion 和 mutation detection。软件支持低质量区域修剪、vector / primer sequences 处理、contig 歧义碱基校正、参考序列组装与比对、批量序列处理、色谱图查看编辑、双峰突变检测、碱基质量评估和多种 DNA 文件格式转换。

SnapGene 是用于分子克隆设计、模拟、可视化与记录的软件，可用于质粒、引物和 DNA 构建体设计，支持常见克隆技术、PCR 与诱变模拟、质粒特征注释、序列比对、琼脂糖凝胶模拟、图形化历史记录、数据转换与共享等分子生物学工作流程。

DNADynamo 是面向分子生物学实验流程的 DNA 测序与序列分析软件，可用于序列导入、带注释序列文件检索、测序数据组装、突变分析、克隆方案设计、引物设计、PCR 模拟、质粒图绘制、DNA 与蛋白质多序列比对、BLAST 检索、GenBank 文件检索和 PDB 结构文件显示，支持 Windows、Mac OSX 和 Linux 环境，并支持跨系统文件兼容。

PrimerPlex是一种高效且复杂的工具，用于设计多重PCR的引物。多重分析有助于在单个反应容器中扩增多个目标，从而减少试验时间和成本。

Beacon Designer是一个qPCR工具，用于为SYBR Green、TaqMan、HRMA、LNA spiked TaqMan、MethyLight TaqMan、molecular beacons、Scorpions和FRET分析设计高效和特异性寡核苷酸。

Sequencher是DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和全部自动序列分析仪一同工作，并且因为它的Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及突出的技术而众所周知。

Geneious是一款综合、跨平台的生物信息学软件，包括操作、发现、共享和探索生物数据，例如DNA序列或蛋白质，系统进化，三维结构信息，出版文献等。它的功能包括序列比对和系统学分析，毗连群，引物设计和克隆和限制性分析，使用NCB和EMBL，BLAST，蛋白质结构查看，自动化医学搜索等。它甚至包含了一个API，您可以创建您的个人生物信息插件。

ChromasPro用于将序列读数组装成contigs。有一个图形contig编辑器，显示对齐的色谱图。它还可以进行一般的序列分析，如限制性酶图谱、开放读码框搜索和BLAST提交。